PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank

SEHNAL, David, Lukáš PRAVDA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2015, roč. 43, W1, s. "W383"-"W388", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv561.

Základní údaje

Originální název

PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank

Autoři

SEHNAL, David (203 Česká republika, domácí), Lukáš PRAVDA (203 Česká republika, domácí), Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Crina-Maria IONESCU (642 Rumunsko, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford, Oxford University Press, 2015, 0305-1048

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 9.202

Kód RIV

RIV/00216224:14740/15:00082987

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv561

UT WoS

000359772700060

Klíčová slova anglicky

protein structure; protein structural pattern; structural bioinformatics; Protein Data Bank; query language

Štítky

rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

Well defined biomacromolecular patterns such as binding sites, catalytic sites, specific protein or nucleic acid sequences, etc. precisely modulate many important biological phenomena. We introduce PatternQuery, a web-based application designed for detection and fast extraction of such patterns. The application uses a unique query language with Python-like syntax to define the patterns that will be extracted from datasets provided by the user, or from the entire Protein Data Bank (PDB). Moreover, the database-wide search can be restricted using a variety of criteria, such as PDB ID, resolution, and organism of origin, to provide only relevant data. The extraction generally takes a few seconds for several hundreds of entries, up to approximately one hour for the whole PDB. The detected patterns are made available for download to enable further processing, as well as presented in a clear tabular and graphical form directly in the browser. The unique design of the language and the provided service could pave the way towards novel PDB-wide analyses, which were either difficult or unfeasible in the past. The application is available free of charge at http://ncbr.muni.cz/PatternQuery.

---

Návaznosti

ED1.1.00/02.0068, projekt VaV	Název: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.30.0009, projekt VaV	Název: Zaměstnáním čerstvých absolventů doktorského studia k vědecké excelenci
LH13055, projekt VaV	Název: Multidisciplinární přístup k návrhu léčiv - Inhibice proteinů s návazností na cukry (Akronym: MADICA) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Multidisciplinární přístup k návrhu léčiv - Inhibice proteinů s návazností na sacharidy
MUNI/A/0855/2013, interní kód MU	Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace III. (Akronym: FI MAV III.) Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace III., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
MUNI/A/1159/2014, interní kód MU	Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV. Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty