Transcriptomic analyses of a monogenean: Next-Generation Sequencing techniques in hands of parasitologists.

DVOŘÁKOVÁ, Hana, Lucie JEDLIČKOVÁ, Martin KAŠNÝ, Petr BROŽ, Jana ILGOVÁ, Milan GELNAR a Libor MIKEŠ. Transcriptomic analyses of a monogenean: Next-Generation Sequencing techniques in hands of parasitologists. In 22nd Helminthological Days. 2015. ISBN 978-80-7444-032-8.

Základní údaje

Originální název

Transcriptomic analyses of a monogenean: Next-Generation Sequencing techniques in hands of parasitologists.

Autoři

DVOŘÁKOVÁ, Hana (203 Česká republika, garant), Lucie JEDLIČKOVÁ (203 Česká republika), Martin KAŠNÝ (203 Česká republika), Petr BROŽ (203 Česká republika), Jana ILGOVÁ (703 Slovensko, domácí), Milan GELNAR (203 Česká republika) a Libor MIKEŠ (203 Česká republika)

Vydání

22nd Helminthological Days, 2015

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/15:00080923

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

978-80-7444-032-8

Klíčová slova anglicky

next-generation sequencing; Monogenea; transcriptome

---

Anotace

V originále

Next-generation sequencing methods currently represent a robust tool enabling significant enrichment of our knowledge of biological systems at a level which has not been possible ever before. Unfortunately, the transcriptomic/genomic data on members of Monogenea are still extremely limited. Therefore we adopted the NGS techniques to generate a first high quality transcriptome of a representative of blood-feeding monogeneans - Eudiplozoon nipponicum (Diplozoidae: Heteronchoinea), the ectoparasite from the gills of common carp Cyprinus carpio. Using 454 sequencing technology (GS FLX System, Roche), a total of 324 941 reads were generated (average length 423 bp) and assembled into 6910 contigs. The second transcriptome analysis was performed by the MiSeq System (Illumina). A total of 74 823 255 input read pairs, a total of 142 813 all transcripts (median contig length 367 bp) and a total of 119 136 of genes (median contig length 334 bp) were obtained. Currently, the comprehensive bioinformatic analysis is running - the assemblies are in the process of evaluation and a pipeline for annotation of particular genes is being developed. Special attention was paid to peptidases that could be involved in digestion of host´s blood and other biological processes in E. nipponicum.

---

Návaznosti

GAP506/12/1258, projekt VaV	Název: Interakce hostitel-parazit u krevsajících diplozoidních monogeneí: Výzkum vysoce specializovaných adaptací k parazitismu Investor: Grantová agentura ČR, Interakce hostitel-parazit u krevsajících diplozoidních monogeneí: Výzkum vysoce specializovaných adaptací k parazitismu
GBP505/12/G112, projekt VaV	Název: ECIP - Evropské centrum ichtyoparazitologie Investor: Grantová agentura ČR, ECIP - Evropské centrum ichtyoparazitologie
MUNI/A/1484/2014, interní kód MU	Název: Analýzy diverzity biologických systémů různých úrovní a na různých škálách terestrického a akvatického prostředí (Akronym: BIDA4) Investor: Masarykova univerzita, Analýzy diverzity biologických systémů různých úrovní a na různých škálách terestrického a akvatického prostředí, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty