Proteome-wide dataset generated by iTRAQ-3DLCMS/MS technique
for studying the role of FerB protein in oxidative stress in
Paracoccus denitrificans

J 2015

Proteome-wide dataset generated by iTRAQ-3DLCMS/MS technique for studying the role of FerB protein in oxidative stress in Paracoccus denitrificans

PERNIKÁŘOVÁ, Vendula, Vojtěch SEDLÁČEK, David POTĚŠIL, Iva PROCHÁZKOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL et. al.

Základní údaje

Originální název

Proteome-wide dataset generated by iTRAQ-3DLCMS/MS technique for studying the role of FerB protein in oxidative stress in Paracoccus denitrificans

Autoři

PERNIKÁŘOVÁ, Vendula (203 Česká republika, domácí), Vojtěch SEDLÁČEK (203 Česká republika, domácí), David POTĚŠIL (203 Česká republika, domácí), Iva PROCHÁZKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika, domácí), Pavel BOUCHAL (203 Česká republika, domácí) a Igor KUČERA (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Data in Brief, Amsterdam, Elsevier, 2015, 2352-3409

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Nizozemské království

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/15:00080961

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

http://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2015.06.015

UT WoS

000453157400072

Klíčová slova anglicky

Paracoccus denitrificans; 3DLC proteomics; FerB; iTRAQ; Microbial proteomics

Štítky

AKR, CF PROT, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 20. 7. 2019 14:20, prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc.

Anotace

V originále

3DLC protein- and peptide fractionation technique combined with iTRAQ-peptide labeling and Orbitrap mass spectrometry was employed to quantitate Paracoccus dentirificans total proteome with maximal coverage. This resulted in identification of 24948 peptides representing 2627 proteins (FDR<0.01) in P. dentirificans wild type and ferB mutant strains grown in the presence or absence of methyl viologen as an oxidative stressor. The data were generated for assessment of FerB protein role in oxidative stress as published by V. Pernikářová et al., Proteomic responses to a methyl viologeninduced oxidative stress in the wild type and FerB mutant strains of Paracoccus denitrificans, J Proteomics 2015;125:68-75. Dataset is supplied in the article.

Návaznosti

ED1.1.00/02.0068, projekt VaV

Název: CEITEC - central european institute of technology

GAP503/12/0369, projekt VaV

Název: Nové flavin-dependentní enzymy Paracoccus denitrificans: reakční mechanismy, metabolické funkce a úloha v buněčném oxidačním stresu

Investor: Grantová agentura ČR, Nové flavin-dependentní enzymy Paracoccus denitrificans: reakční mechanismy, metabolické funkce a úloha v buněčném oxidačním stresu

GA14-19250S, projekt VaV

Název: Nový panel proteinů korelujících se stavem lymfatických uzlin u low-grade nádorů prsu: Klinická verifikace a úloha v invazivitě nádorových buněk

Investor: Grantová agentura ČR, Nový panel proteinů korelujících se stavem lymfatických uzlin u low-grade nádorů prsu: Klinická verifikace a úloha v invazivitě nádorových buněk

Citovat

PERNIKÁŘOVÁ, Vendula, Vojtěch SEDLÁČEK, David POTĚŠIL, Iva PROCHÁZKOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL, Pavel BOUCHAL a Igor KUČERA. Proteome-wide dataset generated by iTRAQ-3DLCMS/MS technique for studying the role of FerB protein in oxidative stress in Paracoccus denitrificans. Data in Brief. Amsterdam: Elsevier, 2015, roč. 4, September, s. 390-394. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2015.06.015.

@article{1308777,
   author = {Pernikářová, Vendula and Sedláček, Vojtěch and Potěšil, David and Procházková, Iva and Zdráhal, Zbyněk and Bouchal, Pavel and Kučera, Igor},
   article_location = {Amsterdam},
   article_number = {September},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2015.06.015},
   keywords = {Paracoccus denitrificans; 3DLC proteomics; FerB; iTRAQ; Microbial proteomics},
   language = {eng},
   issn = {2352-3409},
   journal = {Data in Brief},
   title = {Proteome-wide dataset generated by iTRAQ-3DLCMS/MS technique for studying the role of FerB protein in oxidative stress in Paracoccus denitrificans},
   volume = {4},
   year = {2015}
}

TY  - JOUR
ID  - 1308777
AU  - Pernikářová, Vendula - Sedláček, Vojtěch - Potěšil, David - Procházková, Iva - Zdráhal, Zbyněk - Bouchal, Pavel - Kučera, Igor
PY  - 2015
TI  - Proteome-wide dataset generated by iTRAQ-3DLCMS/MS technique for studying the role of FerB protein in oxidative stress in Paracoccus denitrificans
JF  - Data in Brief
VL  - 4
IS  - September
SP  - 390-394
EP  - 390-394
PB  - Elsevier
SN  - 23523409
KW  - Paracoccus denitrificans
KW  - 3DLC proteomics
KW  - FerB
KW  - iTRAQ
KW  - Microbial proteomics
N2  - 3DLC protein- and peptide fractionation technique combined with iTRAQ-peptide labeling and Orbitrap mass spectrometry was employed to quantitate Paracoccus dentirificans total proteome with maximal coverage. This resulted in identification of 24948 peptides representing 2627 proteins (FDR<0.01) in P. dentirificans wild type and ferB mutant strains grown in the presence or absence of methyl viologen as an oxidative stressor. The data were generated for assessment of FerB protein role in oxidative stress as published by V. Pernikářová et al., Proteomic responses to a methyl viologeninduced oxidative stress in the wild type and FerB mutant strains of Paracoccus denitrificans, J Proteomics 2015;125:68-75. Dataset is supplied in the article.
ER  -

PERNIKÁŘOVÁ, Vendula, Vojtěch SEDLÁČEK, David POTĚŠIL, Iva PROCHÁZKOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL, Pavel BOUCHAL a Igor KUČERA. Proteome-wide dataset generated by iTRAQ-3DLCMS/MS technique for studying the role of FerB protein in oxidative stress in Paracoccus denitrificans. \textit{Data in Brief}. Amsterdam: Elsevier, 2015, roč.~4, September, s.~390-394. ISSN~2352-3409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2015.06.015.

Podrobný výpis o publikaci