2015
Analýza dynamiky oligomerizace proteinu Reptin metodou vodík/deuteriové výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií
COUFALOVÁ, Dominika, Michal ĎURECH, Eva RŮČKOVÁ, Ted HUPP, Bořivoj VOJTĚŠEK et. al.Základní údaje
Originální název
Analýza dynamiky oligomerizace proteinu Reptin metodou vodík/deuteriové výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií
Autoři
Vydání
2015
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
ISSN
Změněno: 14. 9. 2015 11:55, Mgr. Dominika Coufalová, Ph.D.
Anotace
V originále
Východiska: Protein Reptin se nedávno dostal do popředí vědeckého zájmu v oblasti onkologie, jelikož jeho zvýšená exprese byla identifikována v buňkách hepatocelulárního karcinomu, kolorektálního karcinomu, karcinomu ledvin a plic. Je zapojený v proteinových komplexech důležitých pro řadu buněčných dějů, mezi které patři remodelace chromatinu, regulace transkripce, detekce a oprava poškozené DNA a stabilizace telomer. Ve zmíněných komplexech se nachází Reptin zejména v hexamerické formě a jeho aktivita je závislá na vazbě a hydrolýze ATP a také na interakci se signálními proteiny. V současnosti byla prokázána jeho interakce i s tumor supresorovým proteinem p53. Pro studium možných protein-proteinových interakcí byl navržen nízkomolekulární ligand Liddean interagující s ATP vazebnou kapsou na povrchu Reptinu, který má za cíl stabilizovat konečnou homohexamerickou formu. Získání stabilního hexameru přispěje k objasnění struktury výsledného komplexu a k odhalení nových specifických motivů nacházejících se na povrchu komplexu, díky kterým bude možné určit nové interakční partnery a pochopit roli Reptinu v onkogenezi. Materiál a metody: Vliv Liddeanu na oligomerizaci rekombinantního proteinu Reptin byl měřen metodou vodík/deuteriové výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Tato metoda umožňuje analyzovat dynamické změny ve struktuře proteinu a také protein-proteinové interakce. Výsledky: Ve výsledných hmotnostních spektrech byly identifikovány dva různé stavy proteinu lišící se mírou inkorporace deuterií. Stav s nižší deuterací, který je typický pro více kondenzované proteiny, byl přiřazen oligomerické formě a stav s vyšší deuterací, typický pro více rozbalené protein, byl přiřazen formě monomerické. V analyzovaných vzorcích Reptinu s navrženým ligandem Liddeanem byl poměr oligomerické formy zvýšen ve srovnání s formou monomerickou. Závěr: Naše výsledky ukazují, že přítomnost Liddeanu měla vliv na stabilizaci homooligomerické formy Reptinu.