Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking

D 2015

Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking

BRIM, Luboš, Milan ČEŠKA, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK et. al.

Základní údaje

Originální název

Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking

Autoři

BRIM, Luboš (203 Česká republika, domácí), Milan ČEŠKA (203 Česká republika, domácí), Martin DEMKO (703 Slovensko, domácí), Samuel PASTVA (703 Slovensko, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Neuveden, Computational Methods in Systems Biology, od s. 251-263, 13 s. 2015

Nakladatel

Springer International Publishing

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/15:00081130

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-319-23400-7

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23401-4_21

UT WoS

000366198300021

Klíčová slova anglicky

model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms

Štítky

firank_B

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 28. 4. 2016 15:06, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

We propose a new distributed-memory parallel algorithm for parameter synthesis from CTL hypotheses. The algorithm colours the state space transitions by different parameterisations and extends CTL model checking to identify the maximal set of parameters that guarantee the satisfaction of the given CTL property. We experimentally confirm good scalability of our approach and demonstrate its applicability in the case study of a genetic switch controlling decisions in the cell cycle.

Návaznosti

GA15-11089S, projekt VaV

Název: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

Investor: Grantová agentura ČR, Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

MUNI/A/1159/2014, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV.

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

MUNI/A/1206/2014, interní kód MU

Název: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKOMU)

Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

BRIM, Luboš, Milan ČEŠKA, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking. In Roux, Olivier and Bourdon, Jérémie. Computational Methods in Systems Biology. Neuveden: Springer International Publishing, 2015, s. 251-263. ISBN 978-3-319-23400-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23401-4_21.

@inproceedings{1314024,
   author = {Brim, Luboš and Češka, Milan and Demko, Martin and Pastva, Samuel and Šafránek, David},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {Computational Methods in Systems Biology},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23401-4_21},
   editor = {Roux, Olivier and Bourdon, Jérémie},
   keywords = {model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   isbn = {978-3-319-23400-7},
   pages = {251-263},
   publisher = {Springer International Publishing},
   title = {Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking},
   year = {2015}
}

TY  - JOUR
ID  - 1314024
AU  - Brim, Luboš - Češka, Milan - Demko, Martin - Pastva, Samuel - Šafránek, David
PY  - 2015
TI  - Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking
PB  - Springer International Publishing
CY  - Neuveden
SN  - 9783319234007
KW  - model checking
KW  - systems biology
KW  - Computational Tree Logic
KW  - dynamical systems
KW  - distributed algorithms
N2  - We propose a new distributed-memory parallel algorithm for parameter synthesis from CTL hypotheses. The algorithm colours the state space transitions by different parameterisations and extends CTL model checking to identify the maximal set of parameters that guarantee the satisfaction of the given CTL property. We experimentally confirm good scalability of our approach and demonstrate its applicability in the case study of a genetic switch controlling decisions in the cell cycle.
ER  -

BRIM, Luboš, Milan ČEŠKA, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking. In Roux, Olivier and Bourdon, Jérémie. \textit{Computational Methods in Systems Biology}. Neuveden: Springer International Publishing, 2015, s.~251-263. ISBN~978-3-319-23400-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23401-4\_{}21.

Podrobný výpis o publikaci