High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for
Piecewise-Affine Dynamical Systems

D 2015

High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems

BRIM, Luboš, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK

Základní údaje

Originální název

High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems

Autoři

BRIM, Luboš (203 Česká republika, domácí), Martin DEMKO (703 Slovensko, domácí), Samuel PASTVA (703 Slovensko, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

LNCS 9271. Neuveden, Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers, od s. 58-74, 17 s. 2015

Nakladatel

Springer International Publishing

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Odkazy

elektronická verze v nakladatelství Springer

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/15:00081134

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-319-26915-3

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-26916-0_4

Klíčová slova anglicky

bifurcation analysis; model checking; dynamical systems; formal methods

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 28. 4. 2016 21:13, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

Analysis of equilibria, their stability and instability, is an unavoidable ingredient of model analysis in systems biology. In particular, bifurcation analysis which focuses on behaviour of phase portraits under variations of parameters is of great importance. We propose a novel method for bifurcation analysis that employs coloured model checking to analyse phase portraits bifurcation in rectangular abstractions of piecewise-affine systems. The algorithm works on clusters of workstations and multi-core computers to allow scalability. We demonstrate the method on a repressilator genetic regulatory network.

Návaznosti

GA15-11089S, projekt VaV

Název: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

Investor: Grantová agentura ČR, Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

MUNI/A/1159/2014, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV.

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IV., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

MUNI/A/1206/2014, interní kód MU

Název: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKOMU)

Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

BRIM, Luboš, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems. In Alessandro Abate, David Šafránek. Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers. LNCS 9271. Neuveden: Springer International Publishing, 2015, s. 58-74. ISBN 978-3-319-26915-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-26916-0_4.

@inproceedings{1314354,
   author = {Brim, Luboš and Demko, Martin and Pastva, Samuel and Šafránek, David},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-26916-0_4},
   edition = {LNCS 9271},
   editor = {Alessandro Abate, David Šafránek},
   keywords = {bifurcation analysis; model checking; dynamical systems; formal methods},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   isbn = {978-3-319-26915-3},
   pages = {58-74},
   publisher = {Springer International Publishing},
   title = {High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems},
   url = {http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-26916-0_4},
   year = {2015}
}

TY  - JOUR
ID  - 1314354
AU  - Brim, Luboš - Demko, Martin - Pastva, Samuel - Šafránek, David
PY  - 2015
TI  - High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems
PB  - Springer International Publishing
CY  - Neuveden
SN  - 9783319269153
KW  - bifurcation analysis
KW  - model checking
KW  - dynamical systems
KW  - formal methods
UR  - http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-26916-0_4
L2  - http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-26916-0_4
N2  - Analysis of equilibria, their stability and instability, is an unavoidable ingredient of model analysis in systems biology. In particular, bifurcation analysis which focuses on behaviour of phase portraits under variations of parameters is of great importance. We propose a novel method for bifurcation analysis that employs coloured model checking to analyse phase portraits bifurcation in rectangular abstractions of piecewise-affine systems. The algorithm works on clusters of workstations and multi-core computers to allow scalability. We demonstrate the method on a repressilator genetic regulatory network.
ER  -

BRIM, Luboš, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems. In Alessandro Abate, David Šafránek. \textit{Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers}. LNCS 9271. Neuveden: Springer International Publishing, 2015, s.~58-74. ISBN~978-3-319-26915-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-26916-0\_{}4.

Podrobný výpis o publikaci