ZLOBINA, Maria, Ondrej ŠEDO, Ming-Yuan CHOU, Lucia SLEPÁNKOVÁ a Peter LUKAVSKY. Efficient large-scale preparation and purification of short single-stranded RNA oligonucleotides. Biotechniques. New York: Biotechniques Office, 2016, roč. 60, č. 2, s. 75-83. ISSN 0736-6205. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.2144/000114383.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Efficient large-scale preparation and purification of short single-stranded RNA oligonucleotides
Autoři ZLOBINA, Maria (643 Rusko, domácí), Ondrej ŠEDO (203 Česká republika, domácí), Ming-Yuan CHOU (158 Tchaj-wan, domácí), Lucia SLEPÁNKOVÁ (40 Rakousko, domácí) a Peter LUKAVSKY (40 Rakousko, garant, domácí).
Vydání Biotechniques, New York, Biotechniques Office, 2016, 0736-6205.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 2.030
Kód RIV RIV/00216224:14740/16:00087840
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.2144/000114383
UT WoS 000369476700005
Klíčová slova anglicky single-stranded RNA; hammerhead ribozyme; isotope-labelled RNA; structural biology; RNA desalting
Štítky CF NMR, CF PROT, rivok
Změnil Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 27. 4. 2017 13:14.
Anotace
Sequence-specific RNA recognition by RNA-binding proteins plays a crucial role in the post-translational regulation of gene expression. Biophysical and biochemical studies help to unravel the principles of sequence-specific RNA recognition, but the methods used require large amounts of single-stranded RNA (ssRNA). Here we present a fast and robust method for large-scale preparation and purification of short ssRNA oligonucleotides for biochemical, biophysical, and structural studies. We designed an efficiently folding, self-cleaving hammerhead (HH) ribozyme to prepare ssRNA oligonucleotides. Hammerhead ribozyme RNAs self-cleave with over 95% efficiency during in vitro transcription as a function of magnesium concentration to produce high yields of the desired ssRNA products. The resulting ssRNAs can be purified from crude transcription reactions by denaturing anion-exchange chromatography and then desalted by weak anion-exchange chromatography using volatile ammonium bicarbonate buffer solutions. The ssRNA oligonucleotides produced this way are homogenous, as judged by mass spectrometry (MS), and are suitable for biochemical and biophysical studies. Moreover, for high-resolution NMR structure determination of RNA-protein complexes, our protocol enables efficient preparation of ssRNA oligonucleotides with various isotope-labeling schemes which are not commercially available.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.20.0042, projekt VaVNázev: Internacionalizace programu Strukturní biologie s důrazem na rozvoj nových směrů výzkumu
GA15-21122S, projekt VaVNázev: Strukturní podstata změn v sestřihu způsobující cystickou fibrózu
Investor: Grantová agentura ČR, Strukturní podstata změn v sestřihu způsobující cystickou fibrózu
GBP206/12/G151, projekt VaVNázev: Centrum nových přístupů k bioanalýze a molekulární diagnostice
286154, interní kód MUNázev: SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future (Akronym: SYLICA)
Investor: Evropská unie, SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future, Kapacity
3014, interní kód MUNázev: Molecular basis of aberrant splicing of CFTR exon 9
Investor: EMBO (European Molecular Biology Organization), Molecular basis of aberrant splicing of CFTR exon 9
630758, interní kód MUNázev: Aberrant Splicing of CFTR Exon 9 (Akronym: ASCE)
Investor: Evropská unie, Aberrant Splicing of CFTR Exon 9, Lidé
VytisknoutZobrazeno: 21. 5. 2024 13:17