Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained
Behaviour of Signalling Pathways

D 2016

Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways

HAJNAL, Matej, David ŠAFRÁNEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, Pavel KREJČÍ et. al.

Základní údaje

Originální název

Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways

Autoři

HAJNAL, Matej (703 Slovensko, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí), Martin DEMKO (703 Slovensko, domácí), Samuel PASTVA (703 Slovensko, domácí), Pavel KREJČÍ (203 Česká republika, domácí) a Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí)

Vydání

LNBI 9957. Neuveden, Hybrid Systems Biology. HSB 2016, od s. 57-66, 10 s. 2016

Nakladatel

Springer International Publishing

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/16:00088117

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-319-47150-1

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-47151-8_4

UT WoS

000389928100004

Klíčová slova anglicky

signalling pathways; systems biology; parameter synthesis; dynamical systems; parameter estimation

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 13. 5. 2020 19:15, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

Signalling pathways provide a complex cellular information processing machinery that evaluates particular input stimuli and transfers them into the genome by means of regulation of specific genes expression. In this short paper, we provide a preliminary study targeting minimal models representing the topology of main signalling mechanisms. A special emphasis is given to distinguishing between monotonous (sustained) and non-monotonous (transient) time-course behaviour. A set of minimal parametrised ODE models is formulated and analysed in a workflow based on formal methods.

Návaznosti

GA15-11089S, projekt VaV

Název: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

Investor: Grantová agentura ČR, Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

LM2015055, projekt VaV

Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology

MUNI/A/0945/2015, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V.

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

HAJNAL, Matej, David ŠAFRÁNEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, Pavel KREJČÍ a Luboš BRIM. Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways. In Eugenio Cinquemani. Hybrid Systems Biology. HSB 2016. LNBI 9957. Neuveden: Springer International Publishing, 2016, s. 57-66. ISBN 978-3-319-47150-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-47151-8_4.

@inproceedings{1353254,
   author = {Hajnal, Matej and Šafránek, David and Demko, Martin and Pastva, Samuel and Krejčí, Pavel and Brim, Luboš},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {Hybrid Systems Biology. HSB 2016},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-47151-8_4},
   edition = {LNBI 9957},
   editor = {Eugenio Cinquemani},
   keywords = {signalling pathways; systems biology; parameter synthesis; dynamical systems; parameter estimation},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   isbn = {978-3-319-47150-1},
   pages = {57-66},
   publisher = {Springer International Publishing},
   title = {Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways},
   year = {2016}
}

TY  - JOUR
ID  - 1353254
AU  - Hajnal, Matej - Šafránek, David - Demko, Martin - Pastva, Samuel - Krejčí, Pavel - Brim, Luboš
PY  - 2016
TI  - Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways
PB  - Springer International Publishing
CY  - Neuveden
SN  - 9783319471501
KW  - signalling pathways
KW  - systems biology
KW  - parameter synthesis
KW  - dynamical systems
KW  - parameter estimation
N2  - Signalling pathways provide a complex cellular information processing machinery that evaluates particular input stimuli and transfers them into the genome by means of regulation of specific genes expression. In this short paper, we provide a preliminary study targeting minimal models representing the topology of main signalling mechanisms. A special emphasis is given to distinguishing between monotonous (sustained) and non-monotonous (transient) time-course behaviour. A set of minimal parametrised ODE models is formulated and analysed in a workflow based on formal methods.
ER  -

HAJNAL, Matej, David ŠAFRÁNEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, Pavel KREJČÍ a Luboš BRIM. Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways. In Eugenio Cinquemani. \textit{Hybrid Systems Biology. HSB 2016}. LNBI 9957. Neuveden: Springer International Publishing, 2016, s.~57-66. ISBN~978-3-319-47150-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-47151-8\_{}4.

Podrobný výpis o publikaci