TUT-DIS3L2 is a mammalian surveillance pathway for aberrant
structured non-coding RNAs

J 2016

TUT-DIS3L2 is a mammalian surveillance pathway for aberrant structured non-coding RNAs

USTIANENKO, Dmytro, Josef PASULKA, Zuzana FEKETOVÁ, Lukáš BEDNAŘÍK, Dagmar ZIGÁČKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

TUT-DIS3L2 is a mammalian surveillance pathway for aberrant structured non-coding RNAs

Autoři

USTIANENKO, Dmytro (804 Ukrajina, domácí), Josef PASULKA (203 Česká republika, domácí), Zuzana FEKETOVÁ (703 Slovensko, domácí), Lukáš BEDNAŘÍK (203 Česká republika, domácí), Dagmar ZIGÁČKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Andrea FOŘTOVÁ (203 Česká republika, domácí), Mihaela ZAVOLAN (756 Švýcarsko) a Štěpánka VAŇÁČOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

EMBO JOURNAL, Hoboken, Wiley-Blackwell, 2016, 0261-4189

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 9.792

Kód RIV

RIV/00216224:14740/16:00088170

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

http://dx.doi.org/10.15252/embj.201694857

UT WoS

000385708000003

Klíčová slova anglicky

DIS3L2; RNA surveillance; TSSa; ncRNAs; uridylation

Štítky

rivok

Změněno: 22. 2. 2017 13:52, Mgr. Eva Špillingová

Anotace

V originále

Uridylation of various cellular RNA species at the 3' end has been generally linked to RNA degradation. In mammals, uridylated pre-let-7 miRNAs and mRNAs are targeted by the 3' to 5' exoribonuclease DIS3L2. Mutations in DIS3L2 have been associated with Perlman syndrome and with Wilms tumor susceptibility. Using in vivo cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) method, we discovered the DIS3L2-dependent cytoplasmic uridylome of human cells. We found a broad spectrum of uridylated RNAs including rRNAs, snRNAs, snoRNAs, tRNAs, vault, 7SL, Y RNAs, mRNAs, lncRNAs, and transcripts from pseudogenes. The unifying features of most of these identified RNAs are aberrant processing and the presence of stable secondary structures. Most importantly, we demonstrate that uridylation mediates DIS3L2 degradation of short RNA polymerase II-derived RNAs. Our findings establish the role of DIS3L2 and oligouridylation as the cytoplasmic quality control for highly structured ncRNAs.

Návaznosti

GAP305/11/1095, projekt VaV

Název: Funkční a biochemická charakterizace proteinu Dis3L2, třetího lidského homologu hlavní kvasinkové exosomové nukleázy Dis3p

Investor: Grantová agentura ČR, Funkční a biochemická charakterizace proteinu Dis3L2, třetího lidského homologu hlavní kvasinkové exosomové nukleázy Dis3p

GA16-21341S, projekt VaV

Název: Studium úlohy uridylace RNA v lidských buňkách

Investor: Grantová agentura ČR, Studium úlohy uridylace RNA v lidských buňkách

LQ1601, projekt VaV

Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020

Citovat

USTIANENKO, Dmytro, Josef PASULKA, Zuzana FEKETOVÁ, Lukáš BEDNAŘÍK, Dagmar ZIGÁČKOVÁ, Andrea FOŘTOVÁ, Mihaela ZAVOLAN a Štěpánka VAŇÁČOVÁ. TUT-DIS3L2 is a mammalian surveillance pathway for aberrant structured non-coding RNAs. EMBO JOURNAL. Hoboken: Wiley-Blackwell, 2016, roč. 35, č. 20, s. 2179-2191. ISSN 0261-4189. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.15252/embj.201694857.

@article{1354631,
   author = {Ustianenko, Dmytro and Pasulka, Josef and Feketová, Zuzana and Bednařík, Lukáš and Zigáčková, Dagmar and Fořtová, Andrea and Zavolan, Mihaela and Vaňáčová, Štěpánka},
   article_location = {Hoboken},
   article_number = {20},
   doi = {http://dx.doi.org/10.15252/embj.201694857},
   keywords = {DIS3L2; RNA surveillance; TSSa; ncRNAs; uridylation},
   language = {eng},
   issn = {0261-4189},
   journal = {EMBO JOURNAL},
   title = {TUT-DIS3L2 is a mammalian surveillance pathway for aberrant structured non-coding RNAs},
   url = {http://emboj.embopress.org/content/early/2016/09/19/embj.201694857},
   volume = {35},
   year = {2016}
}

TY  - JOUR
ID  - 1354631
AU  - Ustianenko, Dmytro - Pasulka, Josef - Feketová, Zuzana - Bednařík, Lukáš - Zigáčková, Dagmar - Fořtová, Andrea - Zavolan, Mihaela - Vaňáčová, Štěpánka
PY  - 2016
TI  - TUT-DIS3L2 is a mammalian surveillance pathway for aberrant structured non-coding RNAs
JF  - EMBO JOURNAL
VL  - 35
IS  - 20
SP  - 2179-2191
EP  - 2179-2191
PB  - Wiley-Blackwell
SN  - 02614189
KW  - DIS3L2
KW  - RNA surveillance
KW  - TSSa
KW  - ncRNAs
KW  - uridylation
UR  - http://emboj.embopress.org/content/early/2016/09/19/embj.201694857
L2  - http://emboj.embopress.org/content/early/2016/09/19/embj.201694857
N2  - Uridylation of various cellular RNA species at the 3' end has been generally linked to RNA degradation. In mammals, uridylated pre-let-7 miRNAs and mRNAs are targeted by the 3' to 5' exoribonuclease DIS3L2. Mutations in DIS3L2 have been associated with Perlman syndrome and with Wilms tumor susceptibility. Using in vivo cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) method, we discovered the DIS3L2-dependent cytoplasmic uridylome of human cells. We found a broad spectrum of uridylated RNAs including rRNAs, snRNAs, snoRNAs, tRNAs, vault, 7SL, Y RNAs, mRNAs, lncRNAs, and transcripts from pseudogenes. The unifying features of most of these identified RNAs are aberrant processing and the presence of stable secondary structures. Most importantly, we demonstrate that uridylation mediates DIS3L2 degradation of short RNA polymerase II-derived RNAs. Our findings establish the role of DIS3L2 and oligouridylation as the cytoplasmic quality control for highly structured ncRNAs.
ER  -

USTIANENKO, Dmytro, Josef PASULKA, Zuzana FEKETOVÁ, Lukáš BEDNAŘÍK, Dagmar ZIGÁČKOVÁ, Andrea FOŘTOVÁ, Mihaela ZAVOLAN a Štěpánka VAŇÁČOVÁ. TUT-DIS3L2 is a mammalian surveillance pathway for aberrant structured non-coding RNAs. \textit{EMBO JOURNAL}. Hoboken: Wiley-Blackwell, 2016, roč.~35, č.~20, s.~2179-2191. ISSN~0261-4189. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.15252/embj.201694857.

Podrobný výpis o publikaci