Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in
Transmission Electron Microscopy

D 2016

Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy

ŠTĚPKA, Karel, Martin MAŠKA, Jakub Jozef PÁLENIK, Vendula POSPÍCHALOVÁ, Anna KOTRBOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy

Autoři

ŠTĚPKA, Karel (203 Česká republika, domácí), Martin MAŠKA (203 Česká republika, domácí), Jakub Jozef PÁLENIK (703 Slovensko, domácí), Vendula POSPÍCHALOVÁ (203 Česká republika, domácí), Anna KOTRBOVÁ (203 Česká republika), Ladislav ILKOVICS (203 Česká republika, domácí), Dobromila KLEMOVÁ (203 Česká republika, domácí), Aleš HAMPL (203 Česká republika, domácí), Vítězslav BRYJA (203 Česká republika, domácí) a Pavel MATULA (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Cham, Switzerland, Computer Vision -- ECCV 2016 Workshops: Amsterdam, The Netherlands, October 8-10 and 15-16, 2016, Proceedings, Part I, od s. 318-325, 8 s. 2016

Nakladatel

Springer International Publishing

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Švýcarsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Odkazy

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/16:00091584

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-319-46603-3

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23

Klíčová slova anglicky

Exosome; Detection; Segmentation; Transmission electron microscopy; Image processing

Štítky

cbia-web

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 7. 4. 2017 17:57, doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.

Anotace

V originále

We presented a morphological method for automatic detection and segmentation of exosomes in transmission electron microscopy images. The exosome segmentation was carried out using morphological seeded watershed on gradient magnitude image, with the seeds established by applying a series of hysteresis thresholdings, followed by morphological filtering and cluster splitting. We tested the method on a diverse image data set, yielding the detection performance of slightly over 80 %.

Návaznosti

MUNI/A/0945/2015, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V.

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

MUNI/M/1050/2013, interní kód MU

Název: Automatizovaná analýza elektronmikroskopických snímků pro použití v biologii a medicíně (Akronym: Analýza TEM snímků)

Investor: Masarykova univerzita, Automatizovaná analýza elektronmikroskopických snímků pro použití v biologii a medicíně, INTERDISCIPLINARY - Mezioborové výzkumné projekty

Citovat

ŠTĚPKA, Karel, Martin MAŠKA, Jakub Jozef PÁLENIK, Vendula POSPÍCHALOVÁ, Anna KOTRBOVÁ, Ladislav ILKOVICS, Dobromila KLEMOVÁ, Aleš HAMPL, Vítězslav BRYJA a Pavel MATULA. Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy. In Gang Hua, Hervé Jégou. Computer Vision -- ECCV 2016 Workshops: Amsterdam, The Netherlands, October 8-10 and 15-16, 2016, Proceedings, Part I. Cham, Switzerland: Springer International Publishing, 2016, s. 318-325. ISBN 978-3-319-46603-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23.

@inproceedings{1359762,
   author = {Štěpka, Karel and Maška, Martin and Pálenik, Jakub Jozef and Pospíchalová, Vendula and Kotrbová, Anna and Ilkovics, Ladislav and Klemová, Dobromila and Hampl, Aleš and Bryja, Vítězslav and Matula, Pavel},
   address = {Cham, Switzerland},
   booktitle = {Computer Vision -- ECCV 2016 Workshops: Amsterdam, The Netherlands, October 8-10 and 15-16, 2016, Proceedings, Part I},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23},
   editor = {Gang Hua, Hervé Jégou},
   keywords = {Exosome; Detection; Segmentation; Transmission electron microscopy; Image processing},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Cham, Switzerland},
   isbn = {978-3-319-46603-3},
   pages = {318-325},
   publisher = {Springer International Publishing},
   title = {Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy},
   url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23},
   year = {2016}
}

TY  - JOUR
ID  - 1359762
AU  - Štěpka, Karel - Maška, Martin - Pálenik, Jakub Jozef - Pospíchalová, Vendula - Kotrbová, Anna - Ilkovics, Ladislav - Klemová, Dobromila - Hampl, Aleš - Bryja, Vítězslav - Matula, Pavel
PY  - 2016
TI  - Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy
PB  - Springer International Publishing
CY  - Cham, Switzerland
SN  - 9783319466033
KW  - Exosome
KW  - Detection
KW  - Segmentation
KW  - Transmission electron microscopy
KW  - Image processing
UR  - http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23
L2  - http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23
N2  - We presented a morphological method for automatic detection and segmentation of exosomes in transmission electron microscopy images. The exosome segmentation was carried out using morphological seeded watershed on gradient magnitude image, with the seeds established by applying a series of hysteresis thresholdings, followed by morphological filtering and cluster splitting. We tested the method on a diverse image data set, yielding the detection performance of slightly over 80 %.
ER  -

ŠTĚPKA, Karel, Martin MAŠKA, Jakub Jozef PÁLENIK, Vendula POSPÍCHALOVÁ, Anna KOTRBOVÁ, Ladislav ILKOVICS, Dobromila KLEMOVÁ, Aleš HAMPL, Vítězslav BRYJA a Pavel MATULA. Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy. In Gang Hua, Hervé Jégou. \textit{Computer Vision -- ECCV 2016 Workshops: Amsterdam, The Netherlands, October 8-10 and 15-16, 2016, Proceedings, Part I}. Cham, Switzerland: Springer International Publishing, 2016, s.~318-325. ISBN~978-3-319-46603-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0\_{}23.

Podrobný výpis o publikaci