R 2017

pqsfinder: identification of potential quadruplex forming sequences

HON, Jiří, Matej LEXA, Tomáš MARTÍNEK a Jaroslav ZENDULKA

Základní údaje

Originální název

pqsfinder: identification of potential quadruplex forming sequences

Název česky

pqsfinder: R/Bioconductor balíček pro identifikaci sekvencí tvořících kvadruplexy

Autoři

HON, Jiří (203 Česká republika), Matej LEXA (703 Slovensko, domácí), Tomáš MARTÍNEK (203 Česká republika) a Jaroslav ZENDULKA (203 Česká republika)

Vydání

2017

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Software

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Kód RIV

RIV/00216224:14330/17:00094706

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

Klíčová slova česky

G-kvadruplex; kvadruplex; DNA; R; Bioconductor; rozpoznávání vzorů; vyhledávání; anotace

Klíčová slova anglicky

G-quadruplex; quadruplex; DNA; R; Bioconductor; pattern matching; searching; annotation

Technické parametry

Součást prostředí R-Bioconductor

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 6. 11. 2017 22:43, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Anotace

V originále

The main functionality of the this package is to detect DNA sequence patterns that are likely to fold into an intramolecular G-quadruplex (G4). Unlike many other approaches, this package is able to detect sequences responsible for G4s folded from imperfect G-runs containing bulges or mismatches and as such is more sensitive than competing algorithms.

Návaznosti

GA15-02891S, projekt VaV
Název: Rostlinné transpozony a konformace DNA
Investor: Grantová agentura ČR, Rostlinné transpozony a konformace DNA