k 2017

Trends in biomacromolecular structure quality

HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA

Základní údaje

Originální název

Trends in biomacromolecular structure quality

Autoři

Vydání

2nd Annual Users Meeting of iNEXT, 2017

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Prezentace na konferencích

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient

Příznaky

Mezinárodní význam
Změněno: 14. 3. 2018 11:08, doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.

Anotace

V originále

We have performed wide analysis of trends in quality and size of biomacromolecules and their ligands. Information about structures and their quality have been obtained from the Protein Data Bank, while ligand quality data have been sourced from our database ValidatorDB. 70 factors have been taken into consideration. Some trends were expected to exist (e.g., newer structures have better quality), while other trends surprised us (e.g., ligand quality is stagnant at best, currently utilised structure validation methods do not validate ligands well). All explored trends are available in the ValTrendsDB database (ncbr.muni.cz/ValTrendsDB).

Návaznosti

MUNI/A/1194/2016, interní kód MU
Název: Statistické a deterministické modelování (Akronym: StaDeMo)
Investor: Masarykova univerzita, Statistické a deterministické modelování, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty