ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS
data

J 2017

ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS data

BYSTRÝ, Vojtěch, Tomáš REIGL, Adam KREJČÍ, Martin DEMKO, Barbora HANÁKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS data

Autoři

BYSTRÝ, Vojtěch (203 Česká republika, domácí), Tomáš REIGL (203 Česká republika, domácí), Adam KREJČÍ (203 Česká republika, domácí), Martin DEMKO (703 Slovensko, domácí), Barbora HANÁKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Andrea GRIONI (380 Itálie, domácí), Henrik KNECHT (276 Německo), Max SCHLITT (276 Německo), Peter DREGER (276 Německo), Leopold SELLNER (276 Německo), Dietrich HERRMANN (276 Německo), Marine PINGEON (250 Francie), Myriam BOUDJOGHRA (250 Francie), Jos RIJNTJES (528 Nizozemské království), Christiane POTT (276 Německo), Anton W. LANGERAK (528 Nizozemské království), Patricia J. T. A. GROENEN (528 Nizozemské království), Frederic DAVI (250 Francie), Monika BRUGGEMANN (276 Německo) a Nikos DARZENTAS (300 Řecko)

Vydání

Bioinformatics, Oxford, Oxford University Press, 2017, 1367-4803

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 5.481

Kód RIV

RIV/00216224:14740/17:00095641

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw634

UT WoS

000397260800018

Klíčová slova anglicky

REPERTOIRE

Štítky

rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 28. 2. 2018 10:10, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.

Anotace

V originále

Motivation: The study of immunoglobulins and T cell receptors using next-generation sequencing has finally allowed exploring immune repertoires and responses in their immense variability and complexity. Unsurprisingly, their analysis and interpretation is a highly convoluted task. Results: We thus implemented ARResT/Interrogate, a web-based, interactive application. It can organize and filter large amounts of immunogenetic data by numerous criteria, calculate several relevant statistics, and present results in the form of multiple interconnected visualizations.

Návaznosti

ED3.2.00/08.0144, projekt VaV

Název: CERIT Scientific Cloud

LM2010005, projekt VaV

Název: Velká infrastruktura CESNET (Akronym: VI CESNET)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velká infrastruktura CESNET

LQ1601, projekt VaV

Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020

NV16-34272A, projekt VaV

Název: Encyklopedie CLL podskupin: unikátní znalostní databáze vybavená bioinformatickými nástroji použitelná v personalizované biomedicíně a klinické praxi

Citovat

BYSTRÝ, Vojtěch, Tomáš REIGL, Adam KREJČÍ, Martin DEMKO, Barbora HANÁKOVÁ, Andrea GRIONI, Henrik KNECHT, Max SCHLITT, Peter DREGER, Leopold SELLNER, Dietrich HERRMANN, Marine PINGEON, Myriam BOUDJOGHRA, Jos RIJNTJES, Christiane POTT, Anton W. LANGERAK, Patricia J. T. A. GROENEN, Frederic DAVI, Monika BRUGGEMANN a Nikos DARZENTAS. ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS data. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 3, s. 435-437. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw634.

@article{1381958,
   author = {Bystrý, Vojtěch and Reigl, Tomáš and Krejčí, Adam and Demko, Martin and Hanáková, Barbora and Grioni, Andrea and Knecht, Henrik and Schlitt, Max and Dreger, Peter and Sellner, Leopold and Herrmann, Dietrich and Pingeon, Marine and Boudjoghra, Myriam and Rijntjes, Jos and Pott, Christiane and Langerak, Anton W. and Groenen, Patricia J. T. A. and Davi, Frederic and Bruggemann, Monika and Darzentas, Nikos},
   article_location = {Oxford},
   article_number = {3},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw634},
   keywords = {REPERTOIRE},
   language = {eng},
   issn = {1367-4803},
   journal = {Bioinformatics},
   title = {ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS data},
   url = {https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/33/3/435/2580414/ARResT-Interrogate-an-interactive-immunoprofiler?redirectedFrom=fulltext},
   volume = {33},
   year = {2017}
}

TY  - JOUR
ID  - 1381958
AU  - Bystrý, Vojtěch - Reigl, Tomáš - Krejčí, Adam - Demko, Martin - Hanáková, Barbora - Grioni, Andrea - Knecht, Henrik - Schlitt, Max - Dreger, Peter - Sellner, Leopold - Herrmann, Dietrich - Pingeon, Marine - Boudjoghra, Myriam - Rijntjes, Jos - Pott, Christiane - Langerak, Anton W. - Groenen, Patricia J. T. A. - Davi, Frederic - Bruggemann, Monika - Darzentas, Nikos
PY  - 2017
TI  - ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS data
JF  - Bioinformatics
VL  - 33
IS  - 3
SP  - 435-437
EP  - 435-437
PB  - Oxford University Press
SN  - 13674803
KW  - REPERTOIRE
UR  - https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/33/3/435/2580414/ARResT-Interrogate-an-interactive-immunoprofiler?redirectedFrom=fulltext
L2  - https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/33/3/435/2580414/ARResT-Interrogate-an-interactive-immunoprofiler?redirectedFrom=fulltext
N2  - Motivation: The study of immunoglobulins and T cell receptors using next-generation sequencing has finally allowed exploring immune repertoires and responses in their immense variability and complexity. Unsurprisingly, their analysis and interpretation is a highly convoluted task. Results: We thus implemented ARResT/Interrogate, a web-based, interactive application. It can organize and filter large amounts of immunogenetic data by numerous criteria, calculate several relevant statistics, and present results in the form of multiple interconnected visualizations.
ER  -

BYSTRÝ, Vojtěch, Tomáš REIGL, Adam KREJČÍ, Martin DEMKO, Barbora HANÁKOVÁ, Andrea GRIONI, Henrik KNECHT, Max SCHLITT, Peter DREGER, Leopold SELLNER, Dietrich HERRMANN, Marine PINGEON, Myriam BOUDJOGHRA, Jos RIJNTJES, Christiane POTT, Anton W. LANGERAK, Patricia J. T. A. GROENEN, Frederic DAVI, Monika BRUGGEMANN a Nikos DARZENTAS. ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS data. \textit{Bioinformatics}. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč.~33, č.~3, s.~435-437. ISSN~1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw634.

Podrobný výpis o publikaci