Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain
Parameters

D 2017

Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters

BRIM, Luboš, Jiří BARNAT, David ŠAFRÁNEK, Nikola BENEŠ, Martin DEMKO et. al.

Základní údaje

Originální název

Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters

Autoři

BRIM, Luboš (203 Česká republika, garant, domácí), Jiří BARNAT (203 Česká republika, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, domácí), Nikola BENEŠ (203 Česká republika, domácí), Martin DEMKO (703 Slovensko, domácí), Samuel PASTVA (703 Slovensko, domácí) a Matej HAJNAL (703 Slovensko, domácí)

Vydání

LNCS 10545. Cham, Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2017, od s. 40-56, 17 s. 2017

Nakladatel

Springer International Publishing

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/17:00094899

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-319-67470-4

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-67471-1_3

UT WoS

000542715600003

Klíčová slova anglicky

model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms;

Štítky

firank_B

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 13. 5. 2021 13:12, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Anotace

V originále

Complex behaviour arising in biological systems is typically characterised by various kinds of attractors. An important problem in this area is to determine these attractors. Biological systems are usually described by highly parametrised dynamical models that can be represented as parametrised graphs typically constructed as discrete abstractions of continuous-time models. In such models, attractors are observed in the form of terminal strongly connected components (tSCCs). In this paper, we introduce a novel method for detecting tSCCs in parametrised graphs. The method is supplied with a parallel algorithm and evaluated on discrete abstractions of several non-linear biological models.

Návaznosti

GA15-11089S, projekt VaV

Název: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

Investor: Grantová agentura ČR, Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

LM2015055, projekt VaV

Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology

MUNI/A/0992/2016, interní kód MU

Název: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKOMU)

Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

BRIM, Luboš, Jiří BARNAT, David ŠAFRÁNEK, Nikola BENEŠ, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters. In Jérôme Feret and Heinz Koeppl. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2017. LNCS 10545. Cham: Springer International Publishing, 2017, s. 40-56. ISBN 978-3-319-67470-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-67471-1_3.

@inproceedings{1387860,
   author = {Brim, Luboš and Barnat, Jiří and Šafránek, David and Beneš, Nikola and Demko, Martin and Pastva, Samuel and Hajnal, Matej},
   address = {Cham},
   booktitle = {Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2017},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-67471-1_3},
   edition = {LNCS 10545},
   editor = {Jérôme Feret and Heinz Koeppl},
   keywords = {model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms;},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Cham},
   isbn = {978-3-319-67470-4},
   pages = {40-56},
   publisher = {Springer International Publishing},
   title = {Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters},
   year = {2017}
}

TY  - JOUR
ID  - 1387860
AU  - Brim, Luboš - Barnat, Jiří - Šafránek, David - Beneš, Nikola - Demko, Martin - Pastva, Samuel - Hajnal, Matej
PY  - 2017
TI  - Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters
PB  - Springer International Publishing
CY  - Cham
SN  - 9783319674704
KW  - model checking
KW  - systems biology
KW  - Computational Tree Logic
KW  - dynamical systems
KW  - distributed algorithms;
N2  - Complex behaviour arising in biological systems is typically characterised by various kinds of attractors. An important problem in this area is to determine these attractors. Biological systems are usually described by highly parametrised dynamical models that can be represented as parametrised graphs typically constructed as discrete abstractions of continuous-time models. In such models, attractors are observed in the form of terminal strongly connected components (tSCCs). In this paper, we introduce a novel method for detecting tSCCs in parametrised graphs. The method is supplied with a parallel algorithm and evaluated on discrete abstractions of several non-linear biological models.
ER  -

BRIM, Luboš, Jiří BARNAT, David ŠAFRÁNEK, Nikola BENEŠ, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters. In Jérôme Feret and Heinz Koeppl. \textit{Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2017}. LNCS 10545. Cham: Springer International Publishing, 2017, s.~40-56. ISBN~978-3-319-67470-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-67471-1\_{}3.

Podrobný výpis o publikaci