2017
Biochemical Space: A Framework for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes
TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jakub ŠALAGOVIČ, Františka ROMANOVSKÁ, Matej HAJNAL et. al.Základní údaje
Originální název
Biochemical Space: A Framework for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes
Autoři
Vydání
The 8th International Workshop on Static Analysis for Systems Biology, 2017
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Prezentace na konferencích
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
Klíčová slova anglicky
formal specification; biological systems; systems biology; rule-based language
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 5. 9. 2017 18:59, RNDr. Matej Troják, Ph.D.
Anotace
V originále
Biochemical Space is a novel framework for practical description of complex biological processes. It is developed as a part of Comprehensive Modeling Platform - a web-based platform for modeling and analysis of biological processes. In the context of the platform, Biochemical Space binds complicated quantitative models with an easy-to-understand, yet formal and compact qualitative description. It allows us to specify formal and well-annotated reaction networks of chemical entities and elemental reactions onto which the mathematical models are projected. Biochemical Space is supported by Biochemical Space Language that combines state-of-the-art rule-based techniques with metadata formats developed in well-known annotation databases.
Návaznosti
| MUNI/A/0945/2015, interní kód MU |
|