Deep coverage of the beer proteome

J 2017

Deep coverage of the beer proteome

GROCHALOVÁ, Martina, Hana KONEČNÁ, Karel STEJSKAL, David POTĚŠIL, Danuše FRIDRICHOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Deep coverage of the beer proteome

Autoři

GROCHALOVÁ, Martina (203 Česká republika, domácí), Hana KONEČNÁ (203 Česká republika, domácí), Karel STEJSKAL (203 Česká republika, domácí), David POTĚŠIL (203 Česká republika, domácí), Danuše FRIDRICHOVÁ (203 Česká republika, domácí), Eva SRBOVÁ (203 Česká republika, domácí), Kateřina ORNEROVÁ (203 Česká republika, domácí) a Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Journal of Proteomics, Amsterdam, ELSEVIER SCIENCE BV, 2017, 1874-3919

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10406 Analytical chemistry

Stát vydavatele

Nizozemské království

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 3.722

Kód RIV

RIV/00216224:14740/17:00095139

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

http://dx.doi.org/10.1016/j.jprot.2017.05.001

UT WoS

000404318500012

Klíčová slova anglicky

Beer proteome; Gluten proteins; IPG-IEF; LC-MS/MS

Štítky

CF PROT, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 15. 3. 2018 09:23, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.

Anotace

V originále

We adopted an approach based on peptide immobilized pH gradient-isoelectric focusing (IPG-IEF) separation, coupled with LC-MS/MS, in order to maximize coverage of the beer proteome. A lager beer brewed using traditional Czech technology was degassed, desalted and digested. Tryptic peptides were separated by isoelectric focusing on an immobilized pH gradient strip and, after separation, the gel strip was divided into seven equally sized parts. Peptides extracted from gel fractions were analyzed by LC-MS/MS. This approach resulted in a three-fold increase in the number of proteins identified (over 1700) when compared to analysis of unfractionated beer processed by a filter-aided sample preparation (FASP). Over 1900 protein groups (PGs) in total were identified by both approaches.

Návaznosti

CZ.1.05/3.2.00/08.0144, interní kód MU

Název: CERIT Scientific Cloud (Akronym: CERIT - SC)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CERIT Scientific Cloud, 3.2 Propagace a informovanost

GBP206/12/G151, projekt VaV

Název: Centrum nových přístupů k bioanalýze a molekulární diagnostice

LM2015043, projekt VaV

Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology

LQ1601, projekt VaV

Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020

Citovat

GROCHALOVÁ, Martina, Hana KONEČNÁ, Karel STEJSKAL, David POTĚŠIL, Danuše FRIDRICHOVÁ, Eva SRBOVÁ, Kateřina ORNEROVÁ a Zbyněk ZDRÁHAL. Deep coverage of the beer proteome. Journal of Proteomics. Amsterdam: ELSEVIER SCIENCE BV, 2017, roč. 162, JUN, s. 119-124. ISSN 1874-3919. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jprot.2017.05.001.

@article{1394837,
   author = {Grochalová, Martina and Konečná, Hana and Stejskal, Karel and Potěšil, David and Fridrichová, Danuše and Srbová, Eva and Ornerová, Kateřina and Zdráhal, Zbyněk},
   article_location = {Amsterdam},
   article_number = {JUN},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.jprot.2017.05.001},
   keywords = {Beer proteome; Gluten proteins; IPG-IEF; LC-MS/MS},
   language = {eng},
   issn = {1874-3919},
   journal = {Journal of Proteomics},
   title = {Deep coverage of the beer proteome},
   url = {https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874391917301501?via%3Dihub},
   volume = {162},
   year = {2017}
}

TY  - JOUR
ID  - 1394837
AU  - Grochalová, Martina - Konečná, Hana - Stejskal, Karel - Potěšil, David - Fridrichová, Danuše - Srbová, Eva - Ornerová, Kateřina - Zdráhal, Zbyněk
PY  - 2017
TI  - Deep coverage of the beer proteome
JF  - Journal of Proteomics
VL  - 162
IS  - JUN
SP  - 119-124
EP  - 119-124
PB  - ELSEVIER SCIENCE BV
SN  - 18743919
KW  - Beer proteome
KW  - Gluten proteins
KW  - IPG-IEF
KW  - LC-MS/MS
UR  - https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874391917301501?via%3Dihub
L2  - https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874391917301501?via%3Dihub
N2  - We adopted an approach based on peptide immobilized pH gradient-isoelectric focusing (IPG-IEF) separation, coupled with LC-MS/MS, in order to maximize coverage of the beer proteome. A lager beer brewed using traditional Czech technology was degassed, desalted and digested. Tryptic peptides were separated by isoelectric focusing on an immobilized pH gradient strip and, after separation, the gel strip was divided into seven equally sized parts. Peptides extracted from gel fractions were analyzed by LC-MS/MS. This approach resulted in a three-fold increase in the number of proteins identified (over 1700) when compared to analysis of unfractionated beer processed by a filter-aided sample preparation (FASP). Over 1900 protein groups (PGs) in total were identified by both approaches.
ER  -

GROCHALOVÁ, Martina, Hana KONEČNÁ, Karel STEJSKAL, David POTĚŠIL, Danuše FRIDRICHOVÁ, Eva SRBOVÁ, Kateřina ORNEROVÁ a Zbyněk ZDRÁHAL. Deep coverage of the beer proteome. \textit{Journal of Proteomics}. Amsterdam: ELSEVIER SCIENCE BV, 2017, roč.~162, JUN, s.~119-124. ISSN~1874-3919. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jprot.2017.05.001.

Podrobný výpis o publikaci