2017
Exploring Trends in Quality of Biomacromolecular Structure Data
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČAZákladní údaje
Originální název
Exploring Trends in Quality of Biomacromolecular Structure Data
Autoři
HORSKÝ, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí), Veronika BENDOVÁ (203 Česká republika, domácí), Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí)
Vydání
ELIXIR CZ Annual Conference 2017, 2017
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10608 Biochemistry and molecular biology
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14740/17:00108766
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
ISBN
978-80-86241-57-9
Klíčová slova anglicky
ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient
Štítky
Změněno: 26. 3. 2020 20:57, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.
Anotace
V originále
We have performed wide analysis of trends in quality and size of biomacromolecules and their ligands. 88 factors that quantified quality and metadata properties of biomacromolecular complexes have been considered. Source data for the analysis came from the Protein Data Bank database. The state of quality of ligands was sourced from the ValidatorDB database that was developed by our team. Some trends were expected to exist (e.g., newer structures have better quality). Other trends came as a surprise to us (e.g., ligand quality is stagnant at best, currently utilised structure validation methods do not validate ligands well). All trends that have been discovered in the analysis are openly available in the ValTrendsDB database.
Návaznosti
| LQ1601, projekt VaV |
| ||
| MUNI/A/1194/2016, interní kód MU |
|