2017
CaverDock 1.0
FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES et. al.Základní údaje
Originální název
CaverDock 1.0
Název česky
CaverDock 1.0
Autoři
FILIPOVIČ, Jiří (203 Česká republika, domácí), Ondřej VÁVRA (203 Česká republika, domácí), Jan PLHÁK (203 Česká republika, domácí), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí), Sérgio Manuel MARQUES (620 Portugalsko, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Luděk MATYSKA (203 Česká republika, domácí) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, garant, domácí)
Vydání
2017
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Software
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Kód RIV
RIV/00216224:14610/17:00098438
Organizační jednotka
Ústav výpočetní techniky
Klíčová slova anglicky
CaverDock;transport processes in proteins
Technické parametry
Software je dokončen a uvolněn uživatelům na adrese: https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/
kontaktní osoba prof. Damborský, UKB-Kamenice 5/A13, Brno 62500, tel.549493467, jiri@chemi.muni.cz
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam
Změněno: 1. 3. 2019 11:24, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
V originále
CaverDock is a software tool for rapid analysis of transport processes in proteins. It models the transportation of a ligand - a substrate, a product, an inhibitor, a co-factor or a co-solvent - from outside environment into the protein active or binding site and vice versa. The input for the calculation is a protein structure in PDB format and a ligand structure in the PDBQ format. The outputs are ligand’s trajectory and energetic profile. CaverDock implements a novel algorithm which is based on molecular docking and is able to produce contiguous ligand trajectory and estimation of a binding energy along the pathway. The current version of CaverDock uses CAVER for pathway identification and heavily modified Autodock Vina as a docking engine. The tool is much faster than molecular dynamic simulations (2-20 min per job), making it suitable even for virtual screening. The software is extremely easy to use as it requires in its minimalistic configuration the setup for AutoDock Vina and geometry of the tunnel.
Česky
CaverDock je softwareový nástroj pro rychlou analýzu transportních procesů v proteinech. Modeluje transport ligandu - substrátu, produktu, inhibitoru, ko-factoru či ko-solventu - z vnějšího prostředí do aktivního/vazebného místa v proteinu či opačným směrem. Vstupem pro výpočet jsou struktury proteinu a ligandu v PDBQT formátu. Výstupem je trajektorie ligandu a energetický profil. CaverDock implementuje zcela nový algoritmus založený na molekulovém dockingu, který je schopen vypočítat souvislou trajektorii ligandu a odhadnout energii jeho transportu. Současná verze CaverDocku používá CAVER pro identifikaci cesty v proteinu a výrazně modifikovaný AutoDock Vina jako dokovací engine. Nástroj je mnohem rychlejší než simulace pomocí molekulové dynamiky (2-20min na úlohu), což jej činní vhodný pro virtuální screening. Software je velmi jednoduchý na použití, jelikož v minimalistické konfiguraci vyžaduje pouze nastavení pro AutoDock Vina a geometrii tunelu.
Návaznosti
| MUNI/M/1888/2014, interní kód MU |
|