Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for
Complex Urinary Sample Analysis

J 2017

Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis

KOTÁSKOVÁ, Iva, Barbora MALIŠOVÁ, Hana OBRUČOVÁ, Veronika HOLÁ, Tereza PEROUTKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis

Autoři

KOTÁSKOVÁ, Iva (203 Česká republika, domácí), Barbora MALIŠOVÁ (203 Česká republika, domácí), Hana OBRUČOVÁ (203 Česká republika, domácí), Veronika HOLÁ (203 Česká republika, domácí), Tereza PEROUTKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Filip RŮŽIČKA (203 Česká republika, domácí) a Tomáš FREIBERGER (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, Basel, Karger, 2017, 1464-1801

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10606 Microbiology

Stát vydavatele

Švýcarsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 1.462

Kód RIV

RIV/00216224:14110/17:00095700

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

DOI

http://dx.doi.org/10.1159/000484524

UT WoS

000426010400003

Klíčová slova anglicky

Catheter; Complex sample; Mixed chromatogram; PCR denaturing gradient gel electrophoresis; RipSeq Mixed

Štítky

EL OK

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 20. 3. 2018 19:07, Soňa Böhmová

Anotace

V originále

Complex samples are a challenge for sequencing-based broad-range diagnostics. We analysed 19 urinary catheter, ureteral Double-J catheter, and urine samples using 3 methodological approaches. Out of the total 84 operational taxonomic units, 37, 61, and 88% were identified by culture, PCR-DGGE-SS (PCR denaturing gradient gel electrophoresis followed by Sanger sequencing), and PCR-DGGE-RM (PCR- DGGE combined with software chromatogram separation by RipSeq Mixed tool), respectively. The latter approach was shown to be an efficient tool to complement culture in complex sample assessment.

Návaznosti

MUNI/A/1183/2015, interní kód MU

Název: Patogeneze a léčba humorální imunodeficiencí

Investor: Masarykova univerzita, Patogeneze a léčba humorální imunodeficiencí, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

NT13242, projekt VaV

Název: Polymikrobiální biofilm jako příčina chronických močových infekcí a selhávání terapie: kultivační a PCR-DGGE diagnostika, význam a možnosti řešení

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Polymikrobiální biofilm jako příčina chronických močových infekcí a selhávání terapie: kultivační a PCR-DGGE diagnostika, význam a možnosti řešení

NV16-31593A, projekt VaV

Název: Polymikrobiální biofilm jako komplexní mikrobiom v rámci léčby nozokomiálních infekcí

Citovat

KOTÁSKOVÁ, Iva, Barbora MALIŠOVÁ, Hana OBRUČOVÁ, Veronika HOLÁ, Tereza PEROUTKOVÁ, Filip RŮŽIČKA a Tomáš FREIBERGER. Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis. Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology. Basel: Karger, 2017, roč. 27, č. 6, s. 350-355. ISSN 1464-1801. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1159/000484524.

@article{1404252,
   author = {Kotásková, Iva and Mališová, Barbora and Obručová, Hana and Holá, Veronika and Peroutková, Tereza and Růžička, Filip and Freiberger, Tomáš},
   article_location = {Basel},
   article_number = {6},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1159/000484524},
   keywords = {Catheter; Complex sample; Mixed chromatogram; PCR denaturing gradient gel electrophoresis; RipSeq Mixed},
   language = {eng},
   issn = {1464-1801},
   journal = {Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology},
   title = {Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis},
   volume = {27},
   year = {2017}
}

TY  - JOUR
ID  - 1404252
AU  - Kotásková, Iva - Mališová, Barbora - Obručová, Hana - Holá, Veronika - Peroutková, Tereza - Růžička, Filip - Freiberger, Tomáš
PY  - 2017
TI  - Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis
JF  - Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology
VL  - 27
IS  - 6
SP  - 350-355
EP  - 350-355
PB  - Karger
SN  - 14641801
KW  - Catheter
KW  - Complex sample
KW  - Mixed chromatogram
KW  - PCR denaturing gradient gel electrophoresis
KW  - RipSeq Mixed
N2  - Complex samples are a challenge for sequencing-based broad-range diagnostics. We analysed 19 urinary catheter, ureteral Double-J catheter, and urine samples using 3 methodological approaches. Out of the total 84 operational taxonomic units, 37, 61, and 88% were identified by culture, PCR-DGGE-SS (PCR denaturing gradient gel electrophoresis followed by Sanger sequencing), and PCR-DGGE-RM (PCR- DGGE combined with software chromatogram separation by RipSeq Mixed tool), respectively. The latter approach was shown to be an efficient tool to complement culture in complex sample assessment.
ER  -

KOTÁSKOVÁ, Iva, Barbora MALIŠOVÁ, Hana OBRUČOVÁ, Veronika HOLÁ, Tereza PEROUTKOVÁ, Filip RŮŽIČKA a Tomáš FREIBERGER. Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis. \textit{Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology}. Basel: Karger, 2017, roč.~27, č.~6, s.~350-355. ISSN~1464-1801. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1159/000484524.

Podrobný výpis o publikaci