J 2018

Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells

DŽATKO, Šimon, Michaela KRAFČÍKOVÁ, R. HANSEL-HERTSCH, T. FESSL, Radovan FIALA et. al.

Základní údaje

Originální název

Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells

Autoři

DŽATKO, Šimon (703 Slovensko, domácí), Michaela KRAFČÍKOVÁ (703 Slovensko, domácí), R. HANSEL-HERTSCH (826 Velká Británie a Severní Irsko), T. FESSL (203 Česká republika), Radovan FIALA (203 Česká republika, domácí), Tomáš LOJA (703 Slovensko, domácí), Daniel KRAFČÍK (703 Slovensko, domácí), J.L. MERGNY (250 Francie), Silvie TRANTÍRKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Lukáš TRANTÍREK (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Angewandte Chemie International Edition, WEINHEIM (GERMANY), Verlag Chemie, 2018, 1433-7851

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 12.257

Kód RIV

RIV/00216224:14740/18:00100847

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

000424879400024

Klíčová slova anglicky

DNA; i-motifs; in-cell NMR spectroscopy; structural biology

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 13. 3. 2019 13:16, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.

Anotace

V originále

C-rich DNA has the capacity to form a tetra-stranded structure known as an i-motif. The i-motifs within genomic DNA have been proposed to contribute to the regulation of DNA transcription. However, direct experimental evidence for the existence of these structures invivo has been missing. Whether i-motif structures form in complex environment of living cells is not currently known. Herein, using state-of-the-art in-cell NMR spectroscopy, we evaluate the stabilities of i-motif structures in the complex cellular environment. We show that i-motifs formed from naturally occurring C-rich sequences in the human genome are stable and persist in the nuclei of living human cells. Our data show that i-motif stabilities invivo are generally distinct from those invitro. Our results are the first to interlink the stability of DNA i-motifs invitro with their stability invivo and provide essential information for the design and development of i-motif-based DNA biosensors for intracellular applications.

Návaznosti

GA16-10504S, projekt VaV
Název: Charakterizace struktury nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí vysoce rozlišené NMR spektroskopie
Investor: Grantová agentura ČR, Charakterizace struktury nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí vysoce rozlišené NMR spektroskopie
LM2015043, projekt VaV
Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology
LM2015062, projekt VaV
Název: Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, National research infrastructure for biological and medical imaging
LM2015064, projekt VaV
Název: Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu (Akronym: EATRIS-ERIC-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Involvement of Czech Translational Medicine Infrastructure to the European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine
LQ1601, projekt VaV
Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020
2535, interní kód MU
Název: Cellular Structural Biology of non-B DNA Motifs in Human Genome
Investor: EMBO (European Molecular Biology Organization), Cellular Structural Biology of non-B DNA Motifs in Human Genome
653706, interní kód MU
Název: iNEXT - Infrastructure for NMR, EM and X-ray crystallography for translational research (Akronym: iNEXT)
Investor: Evropská unie, iNEXT - Infrastructure for NMR, EM and X-ray crystallography for translational research, RI Research Infrastructures (Excellent Science)