Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells

DŽATKO, Šimon; Michaela KRAFČÍKOVÁ; R. HANSEL-HERTSCH; T. FESSL; Radovan FIALA; Tomáš LOJA; Daniel KRAFČÍK; J.L. MERGNY; Silvie TRANTÍRKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK. Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells. Angewandte Chemie International Edition. WEINHEIM (GERMANY): Verlag Chemie, 2018, roč. 57, č. 8, s. 2165-2169. ISSN 1433-7851. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/anie.201712284.

Základní údaje

Originální název

Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells

Autoři

DŽATKO, Šimon (703 Slovensko, domácí); Michaela KRAFČÍKOVÁ (703 Slovensko, domácí); R. HANSEL-HERTSCH (826 Velká Británie a Severní Irsko); T. FESSL (203 Česká republika); Radovan FIALA (203 Česká republika, domácí); Tomáš LOJA (703 Slovensko, domácí); Daniel KRAFČÍK (703 Slovensko, domácí); J.L. MERGNY (250 Francie); Silvie TRANTÍRKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Lukáš TRANTÍREK (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Angewandte Chemie International Edition, WEINHEIM (GERMANY), Verlag Chemie, 2018, 1433-7851

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 12.257

Kód RIV

RIV/00216224:14740/18:00100847

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

https://doi.org/10.1002/anie.201712284

UT WoS

000424879400024

EID Scopus

2-s2.0-85041122273

Klíčová slova anglicky

DNA; i-motifs; in-cell NMR spectroscopy; structural biology

Štítky

CF CELLIM, CF NMR, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

C-rich DNA has the capacity to form a tetra-stranded structure known as an i-motif. The i-motifs within genomic DNA have been proposed to contribute to the regulation of DNA transcription. However, direct experimental evidence for the existence of these structures invivo has been missing. Whether i-motif structures form in complex environment of living cells is not currently known. Herein, using state-of-the-art in-cell NMR spectroscopy, we evaluate the stabilities of i-motif structures in the complex cellular environment. We show that i-motifs formed from naturally occurring C-rich sequences in the human genome are stable and persist in the nuclei of living human cells. Our data show that i-motif stabilities invivo are generally distinct from those invitro. Our results are the first to interlink the stability of DNA i-motifs invitro with their stability invivo and provide essential information for the design and development of i-motif-based DNA biosensors for intracellular applications.

---

Návaznosti

GA16-10504S, projekt VaV	Název: Charakterizace struktury nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí vysoce rozlišené NMR spektroskopie Investor: Grantová agentura ČR, Charakterizace struktury nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí vysoce rozlišené NMR spektroskopie
LM2015043, projekt VaV	Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology
LM2015062, projekt VaV	Název: Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, National research infrastructure for biological and medical imaging
LM2015064, projekt VaV	Název: Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu (Akronym: EATRIS-ERIC-CZ) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Involvement of Czech Translational Medicine Infrastructure to the European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine
LQ1601, projekt VaV	Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020
2535, interní kód MU	Název: Cellular Structural Biology of non-B DNA Motifs in Human Genome Investor: EMBO (European Molecular Biology Organization), Cellular Structural Biology of non-B DNA Motifs in Human Genome
653706, interní kód MU	Název: iNEXT - Infrastructure for NMR, EM and X-ray crystallography for translational research (Akronym: iNEXT) Investor: Evropská unie, iNEXT - Infrastructure for NMR, EM and X-ray crystallography for translational research, RI Research Infrastructures (Excellent Science)