J 2018

Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography

SMART, Oliver S.; Vladimír HORSKÝ; Swanand GORE; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Veronika BENDOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography

Autoři

SMART, Oliver S. (826 Velká Británie a Severní Irsko); Vladimír HORSKÝ (203 Česká republika, domácí); Swanand GORE (826 Velká Británie a Severní Irsko); Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí); Veronika BENDOVÁ (203 Česká republika, domácí); Gerard J. KLEYWEGT (528 Nizozemské království) a Sameer VELANKAR (826 Velká Británie a Severní Irsko)

Vydání

Acta Crystallographica Section D, 2018, 2059-7983

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 3.227

Kód RIV

RIV/00216224:14740/18:00102379

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

000427362000006

EID Scopus

2-s2.0-85043764737

Klíčová slova anglicky

PDB; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; ligands; ValTrendsDB

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 25. 4. 2019 11:50, Mgr. Martin Prokop, Ph.D.

Anotace

V originále

The Worldwide PDB validation report (VR) provides a mechanism to highlight any major issues concerning the quality of the data and the model at the time of deposition and annotation, so the depositors can fix issues, resulting in improved data quality. In this article, the ligand-validation methods used in the generation of the current VRs are described in detail, including an examination of the metrics to assess both geometry and electron-density fit. It is found that the LLDF score currently used to identify ligand electron-density fit outliers can give misleading results and that better ligand-validation metrics are required.

Návaznosti

LM2015047, projekt VaV
Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data
LQ1601, projekt VaV
Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020
MUNI/A/1204/2017, interní kód MU
Název: Matematické statistické modelování 2 (Akronym: MaStaMo2)
Investor: Masarykova univerzita, Matematické statistické modelování 2, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
676559, interní kód MU
Název: ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (Akronym: ELIXIR-EXCELERATE)
Investor: Evropská unie, ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences, RI Research Infrastructures (Excellent Science)