J 2018

CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories

JURČÍK, Adam, David BEDNÁŘ, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, Katarína FURMANOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories

Autoři

JURČÍK, Adam (203 Česká republika, domácí), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí), Jan BYŠKA (203 Česká republika), Sérgio Manuel MARQUES (620 Portugalsko, domácí), Katarína FURMANOVÁ (703 Slovensko, domácí), Lukáš DANIEL (203 Česká republika, domácí), Piia Pauliina KOKKONEN (246 Finsko, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí), Jan ŠTOURAČ (203 Česká republika, domácí), Antonín PAVELKA (203 Česká republika, domácí), Martin MANAK (203 Česká republika), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí) a Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Bioinformatics, 2018, 1367-4803

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 4.531

Kód RIV

RIV/00216224:14330/18:00100952

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

UT WoS

000448782100024

Klíčová slova anglicky

protein;tunnel;software;visualization

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 31. 5. 2022 17:34, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

Motivation: Studying the transport paths of ligands, solvents, or ions in transmembrane proteins and proteins with buried binding sites is fundamental to the understanding of their biological function. A detailed analysis of the structural features influencing the transport paths is also important for engineering proteins for biomedical and biotechnological applications. Results: CAVER Analyst 2.0 is a software tool for quantitative analysis and real-time visualization of tunnels and channels in static and dynamic structures. This version provides the users with many new functions, including advanced techniques for intuitive visual inspection of the spatiotemporal behavior of tunnels and channels. Novel integrated algorithms allow an efficient analysis and data reduction in large protein structures and molecular dynamic simulations. Availability and implementation: CAVER Analyst 2.0 is a multi-platform standalone Java-based application. Binaries and documentation are freely available at www.caver.cz.

Návaznosti

GA16-06096S, projekt VaV
Název: Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty
Investor: Grantová agentura ČR, Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty
GA17-07690S, projekt VaV
Název: Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinech (Akronym: FLigComp)
Investor: Grantová agentura ČR, Methods of Identification and Visualization of Tunnels for Flexible Ligands in Dynamic Proteins
LM2015047, projekt VaV
Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data
LM2015055, projekt VaV
Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology
LO1214, projekt VaV
Název: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí