a 2018

Connection of glycoinformatics databases with Pubchem

SUCHÁNKOVÁ, Pavla a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ

Základní údaje

Originální název

Connection of glycoinformatics databases with Pubchem

Název česky

Propojení glycoinformatických databází s Pubchem

Autoři

SUCHÁNKOVÁ, Pavla (203 Česká republika, domácí) a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, domácí)

Vydání

ENBIK, 2018

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14740/18:00108837

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

ISBN

978-80-7592-017-1

Klíčová slova česky

Glykoinformatika; konverze formátů; PubChem

Klíčová slova anglicky

Glycoinformatics; format conversion; PubChem

Štítky

Změněno: 26. 3. 2020 16:44, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.

Anotace

V originále

Nowadays, information about structure of organic molecules and proteins is stored in general databases and described via common data formats. Unfortunately, glycoinformatics databases are isolated and use specialised data formats. For better work with interesting data stored in these databases, it is necessary to link together information from these specialized databases with general-purpose database. Among such specialised databases belong for example GlyConnect and UnicarbKB – databases of glycan structures, which utilise GlycoCT data format [1]. We developed a workflow for translation of GlycoCT format to common molecular formats SMILES, InChI and InChIKey. Based on these standard formats, we established a linkage between GlyConnect, UnicarbKB and PubChem [2] databases. We will present the workflow and information describing a matching between these databases.

Návaznosti

LQ1601, projekt VaV
Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020