Connection of glycoinformatics databases with Pubchem

SUCHÁNKOVÁ, Pavla a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. Connection of glycoinformatics databases with Pubchem. In ENBIK. 2018. ISBN 978-80-7592-017-1.

Základní údaje

• Originální název: Connection of glycoinformatics databases with Pubchem
• Název česky: Propojení glycoinformatických databází s Pubchem
• Autoři: SUCHÁNKOVÁ, Pavla (203 Česká republika, domácí) a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, domácí).
• Vydání: ENBIK, 2018.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10608 Biochemistry and molecular biology
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/18:00108837
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• ISBN: 978-80-7592-017-1
• Klíčová slova česky: Glykoinformatika; konverze formátů; PubChem
• Klíčová slova anglicky: Glycoinformatics; format conversion; PubChem
• Štítky: rivok

Anotace

Nowadays, information about structure of organic molecules and proteins is stored in general databases and described via common data formats. Unfortunately, glycoinformatics databases are isolated and use specialised data formats. For better work with interesting data stored in these databases, it is necessary to link together information from these specialized databases with general-purpose database. Among such specialised databases belong for example GlyConnect and UnicarbKB – databases of glycan structures, which utilise GlycoCT data format [1]. We developed a workflow for translation of GlycoCT format to common molecular formats SMILES, InChI and InChIKey. Based on these standard formats, we established a linkage between GlyConnect, UnicarbKB and PubChem [2] databases. We will present the workflow and information describing a matching between these databases.

Návaznosti

• LQ1601, projekt VaV: Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020