Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model

D 2018

Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model

SVOBODA, David, Tereza NEČASOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ a Pavel ŠIMARA

Základní údaje

Originální název

Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model

Autoři

SVOBODA, David (203 Česká republika, garant, domácí), Tereza NEČASOVÁ (203 Česká republika, domácí), Lenka TESAŘOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Pavel ŠIMARA (203 Česká republika, domácí)

Vydání

LNCS 11037. Neuveden, Simulation and Synthesis in Medical Imaging, od s. 90-99, 10 s. 2018

Nakladatel

Springer

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/18:00101094

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-030-00535-1

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00536-8_10

UT WoS

000477752900010

Klíčová slova anglicky

3D cellular Potts model; Virtual cell; Volumetric image data; Network formation; Fractal dimension; Lacunarity

Štítky

cbia-web

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 13. 5. 2020 19:12, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

The simulations in biomedical imaging serve when the real image data are difficult to be annotated or if they are of limited quantity. An increasing capability of contemporary computers allows to model and simulate complex shapes and dynamic processes. In this paper, we introduce a new model that describes the formation process of a complex tubular network of endothelial cells in 3D. This model adopts the fundamentals of cellular Potts model. The generated network of endothelial cells imitates the structure and behavior that can be observed in real microscopy images. The generated data may serve as a benchmark dataset for newly designed tracking algorithms. Last but not least, the observation of both real and synthetic time-lapse sequences may help the biologists to better understand and model the dynamic processes that occur in live cells.

Návaznosti

GA17-05048S, projekt VaV

Název: Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech

Investor: Grantová agentura ČR, Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech

MUNI/A/0854/2017, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VII.

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VII., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

SVOBODA, David, Tereza NEČASOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ a Pavel ŠIMARA. Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model. In Gooya A., Goksel O., Oguz I., Burgos N. Simulation and Synthesis in Medical Imaging. LNCS 11037. Neuveden: Springer, 2018, s. 90-99. ISBN 978-3-030-00535-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00536-8_10.

@inproceedings{1426797,
   author = {Svoboda, David and Nečasová, Tereza and Tesařová, Lenka and Šimara, Pavel},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {Simulation and Synthesis in Medical Imaging},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00536-8_10},
   edition = {LNCS 11037},
   editor = {Gooya A., Goksel O., Oguz I., Burgos N.},
   keywords = {3D cellular Potts model; Virtual cell; Volumetric image data; Network formation; Fractal dimension; Lacunarity},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   isbn = {978-3-030-00535-1},
   pages = {90-99},
   publisher = {Springer},
   title = {Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model},
   url = {http://www.sashimi.aramislab.fr/},
   year = {2018}
}

TY  - JOUR
ID  - 1426797
AU  - Svoboda, David - Nečasová, Tereza - Tesařová, Lenka - Šimara, Pavel
PY  - 2018
TI  - Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model
PB  - Springer
CY  - Neuveden
SN  - 9783030005351
KW  - 3D cellular Potts model
KW  - Virtual cell
KW  - Volumetric image data
KW  - Network formation
KW  - Fractal dimension
KW  - Lacunarity
UR  - http://www.sashimi.aramislab.fr/
N2  - The simulations in biomedical imaging serve when the real image data are difficult to be annotated or if they are of limited quantity. An increasing capability of contemporary computers allows to model and simulate complex shapes and dynamic processes. In this paper, we introduce a new model that describes the formation process of a complex tubular network of endothelial cells in 3D. This model adopts the fundamentals of cellular Potts model. The generated network of endothelial cells imitates the structure and behavior that can be observed in real microscopy images. The generated data may serve as a benchmark dataset for newly designed tracking algorithms. Last but not least, the observation of both real and synthetic time-lapse sequences may help the biologists to better understand and model the dynamic processes that occur in live cells.
ER  -

SVOBODA, David, Tereza NEČASOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ a Pavel ŠIMARA. Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model. In Gooya A., Goksel O., Oguz I., Burgos N. \textit{Simulation and Synthesis in Medical Imaging}. LNCS 11037. Neuveden: Springer, 2018, s.~90-99. ISBN~978-3-030-00535-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00536-8\_{}10.

Podrobný výpis o publikaci