J 2018

MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)

PRAVDA, Lukáš, David SEHNAL, Dominik TOUŠEK, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Václav BAZGIER et. al.

Základní údaje

Originální název

MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)

Autoři

PRAVDA, Lukáš (203 Česká republika, domácí), David SEHNAL (203 Česká republika, domácí), Dominik TOUŠEK (203 Česká republika, domácí), Veronika NAVRÁTILOVÁ (203 Česká republika), Václav BAZGIER (203 Česká republika), Karel BERKA (203 Česká republika), Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jaroslav KOČA (203 Česká republika, garant, domácí) a Michal OTYEPKA (203 Česká republika)

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford, Oxford University Press, 2018, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 11.147

Kód RIV

RIV/00216224:14740/18:00103406

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

000438374100059

Klíčová slova česky

tunel; pór; aquaporin; cytochrom; protein; MOLE; software

Klíčová slova anglicky

tunnel; pore; aquaporine; protein; MOLE; software

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 24. 4. 2019 16:40, prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Anotace

V originále

MOLEonline is an interactive, web-based application for the detection and characterization of channels (pores and tunnels) within biomacromolecular structures. The updated version of MOLEonline overcomes limitations of the previous version by incorporating the recently developed LiteMol Viewer visualization engine and providing a simple, fully interactive user experience. The application enables two modes of calculation: one is dedicated to the analysis of channels while the other was specifically designed for transmembrane pores. As the application can use both PDB and mmCIF formats, it can be leveraged to analyze a wide spectrum of biomacromolecular structures, e.g. stemming from NMR, X-ray and cryo-EM techniques. The tool is interconnected with other bioinformatics tools (e.g., PDBe, CSA, ChannelsDB, OPM, UniProt) to help both setup and the analysis of acquired results. MOLEonline provides unprecedented analytics for the detection and structural characterization of channels, as well as information about their numerous physicochemical features. Here we present the application of MOLEonline for structural analyses of alpha-hemolysin and transient receptor potential mucolipin 1 (TRMP1) pores.

Návaznosti

EF16_013/0001777, projekt VaV
Název: ELIXIR-CZ: Budování kapacit
LM2015047, projekt VaV
Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data
LQ1601, projekt VaV
Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020
676559, interní kód MU
Název: ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (Akronym: ELIXIR-EXCELERATE)
Investor: Evropská unie, ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences, RI Research Infrastructures (Excellent Science)

Přiložené soubory

gky309.pdf
Požádat o autorskou verzi souboru