J 2018

HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information

SUMBALOVÁ, Lenka, Jan ŠTOURAČ, Tomáš MARTÍNEK, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ et. al.

Základní údaje

Originální název

HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information

Autoři

SUMBALOVÁ, Lenka (203 Česká republika, domácí), Jan ŠTOURAČ (203 Česká republika, domácí), Tomáš MARTÍNEK (203 Česká republika, domácí), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford, Oxford University Press, 2018, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 11.147

Kód RIV

RIV/00216224:14310/18:00101754

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

UT WoS

000438374100057

Klíčová slova anglicky

PROTEIN-STRUCTURE PREDICTION; DIRECTED EVOLUTION; HALOALKANE DEHALOGENASE
Změněno: 23. 4. 2024 14:21, Mgr. Michal Petr

Anotace

V originále

HotSpot Wizard is a web server used for the automated identification of hotspots in semi-rational protein design to give improved protein stability, catalytic activity, substrate specificity and enantioselectivity. Since there are three orders of magnitude fewer protein structures than sequences in bioinformatic databases, the major limitation to the usability of previous versions was the requirement for the protein structure to be a compulsory input for the calculation. HotSpot Wizard 3.0 now accepts the protein sequence as input data. The protein structure for the query sequence is obtained either from eight repositories of homology models or is modeled using Modeller and I-Tasser. The quality of the models is then evaluated using three quality assessment tools-WHAT_CHECK, PROCHECK and MolProbity. During follow-up analyses, the system automatically warns the users whenever they attempt to redesign poorly predicted parts of their homology models. The second main limitation of HotSpot Wizard's predictions is that it identifies suitable positions for mutagenesis, but does not provide any reliable advice on particular substitutions. A new module for the estimation of thermodynamic stabilities using the Rosetta and FoldX suites has been introduced which prevents destabilizing mutations among pre-selected variants entering experimental testing.

Návaznosti

GA16-06096S, projekt VaV
Název: Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty
Investor: Grantová agentura ČR, Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty
LM2015047, projekt VaV
Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data
LM2015051, projekt VaV
Název: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX RI)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumná infrastruktura RECETOX
LM2015055, projekt VaV
Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology
LO1214, projekt VaV
Název: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí