CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging

WIESNER, David, David SVOBODA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging. Bioinformatics. Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 21, s. 4531-4533. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz417.

Základní údaje

Originální název

CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging

Autoři

WIESNER, David (203 Česká republika, domácí), David SVOBODA (203 Česká republika, domácí), Martin MAŠKA (203 Česká republika, domácí) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Bioinformatics, Oxford University Press, 2019, 1367-4803

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 5.610

Kód RIV

RIV/00216224:14330/19:00107401

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz417

UT WoS

000499323900072

Klíčová slova anglicky

Simulation; Mathematical modeling; Benchmarking; Cell imaging; Web services

Štítky

cbia-web

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

Objective assessment of bioimage analysis methods is an essential step towards understanding their robustness and parameter sensitivity, calling for the availability of heterogeneous bioimage datasets accompanied by their reference annotations. Because manual annotations are known to be arduous, highly subjective, and barely reproducible, numerous simulators have emerged over past decades, generating synthetic bioimage datasets complemented with inherent reference annotations. However, the installation and configuration of these tools generally constitutes a barrier to their widespread use. We present a modern, modular web-interface, CytoPacq, to facilitate the generation of synthetic benchmark datasets relevant for multi-dimensional cell imaging. CytoPacq poses a user-friendly graphical interface with contextual tooltips and currently allows a comfortable access to various cell simulation systems of fluorescence microscopy, which have already been recognized and used by the scientific community, in a straightforward and self-contained form. CytoPacq is a publicly available online service running at https://cbia.fi.muni.cz/simulator. More information about it as well as examples of generated bioimage datasets are available directly through the web-interface.

---

Návaznosti

EF16_013/0001775, projekt VaV	Název: Modernizace a podpora výzkumných aktivit národní infrastruktury pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging
GA17-05048S, projekt VaV	Název: Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech Investor: Grantová agentura ČR, Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech
LM2015062, projekt VaV	Název: Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, National research infrastructure for biological and medical imaging
LTC17016, projekt VaV	Název: Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk, INTER-COST
MUNI/A/1018/2018, interní kód MU	Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VIII. Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VIII., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty