2019
Genome sizes and genomic guanine+cytosine (GC) contents of the Czech vascular flora with new estimates for 1700 species
ŠMARDA, Petr, Ondřej KNÁPEK, Alexandra ŠILEROVÁ, Lucie HOROVÁ, Vít GRULICH et. al.Základní údaje
Originální název
Genome sizes and genomic guanine+cytosine (GC) contents of the Czech vascular flora with new estimates for 1700 species
Název česky
Velikost genomu a genomický obsah guaninu a cytosinu (GC) českých cévnatých rostlin s novými měřeními pro 1700 druhů
Autoři
ŠMARDA, Petr (203 Česká republika, garant, domácí), Ondřej KNÁPEK (203 Česká republika, domácí), Alexandra ŠILEROVÁ (203 Česká republika, domácí), Lucie HOROVÁ (203 Česká republika, domácí), Vít GRULICH (203 Česká republika, domácí), Jiří DANIHELKA (203 Česká republika, domácí), Pavel VESELÝ (203 Česká republika, domácí), Jakub ŠMERDA (203 Česká republika, domácí), Olga ROTREKLOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Petr BUREŠ (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Preslia, Praha, Česká botanická společnost, 2019, 0032-7786
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10611 Plant sciences, botany
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 4.357
Kód RIV
RIV/00216224:14310/19:00107441
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
000472149600002
Klíčová slova anglicky
chromosome number; Czech Republic; DNA base composition; DNA content; flow cytometry; GC content; genome size; life form; polyploidy; vascular plants
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 6. 1. 2024 00:27, prof. RNDr. Petr Bureš, Ph.D.
V originále
The content of DNA in the somatic, unreplicated cell nuclei (genome size) and DNA base composition (GC content) are the basic genomic parameters that can be measured by flow cytometry. Genome size, or ploidy level, can affect many plant properties and are therefore included as important features in modern biological floras and plant trait databases. However, genomic data are still largely measured mainly for taxonomic and biosystematic purposes, and despite the popularity of flow cytometry in the Czech Republic, this information is still missing for many of the vascular plants in the Czech flora. The biological significance of the GC content is less clear compared to the genome size, which, along with the greater difficulty in measuring it, results in the absence of such information for the vastmajority of species. Here, we measure these two genomic parameters for 1908 samples of 1700 species in the Czech vascular flora. Here for the first time are reported the genome sizes of more than 1000 species and GC contents of more than 1500 species, which more than doubles the amount of information on the GC content of vascular plants. Together with the published data obtained in our laboratory using the same methods and flow cytometers, this information is now available for 1910 species that occur in the Czech Republic (~83% of this country’s permanent flora, excluding apomicts). They are summarized in a table, accompanied by information about assumed chromosome number, ploidy level and an estimate of the monoploid genome size.We further provide a descriptive analysis of this dataset, list extreme values and comment on some cytogeographically interesting findings. This dataset is the largest and most comprehensive set of genomic data covering almost the entire flora of a country. It will serve as the basis of the karyological traits section of the Czech plant trait database Pladias (www.pladias.cz) and for testing of hypotheses about the evolution and biological relevance of these genomic parameters.
Česky
Obsah DNA v somatických, nereplikovaných jádrech buněk (velikost genomu) a bázové složení DNA (GC obsah) jsou základní genomické parametry, které lze měřit pomocí průtokové cytometrie. Velikost genomu, a tedy i ploidní úroveň mohou ovlivňovat četné vlastnosti rostlin, a proto se uvádějí v moderních biologických flórách a databázích biologických vlastností druhů. Velikost genomu se dosud měří převážně pro biosystematické účely a navzdory velkému rozvoji průtokové cytometrie v České republice tato informace pro mnohé druhy české květeny chybí. Biologický význam GC obsahu je oproti významu velikosti genomu zatím méně jasný, navíc se měří obtížněji, a proto jej neznáme u velké většiny druhů. V této práci přinášíme měření obou genomických parametrů pro většinu cévnatých rostlin české květeny. Celkem jsme naměřili nově velikosti genomu a genomický GC obsah pro 1908 vzorků 1700 druhů. Velikost genomu je zde poprvé uvedena pro více než 1000 druhů a obsah GC bází poprvé pro více než 1500 druhů, což více než zdvojnásobuje množství dosud známých údajů o obsahu GC bází u cévnatých rostlin. Spolu s dříve uveřejněnými údaji získanými v naší laboratoři na stejných přístrojích a stejnou metodikou jsou tak tyto údaje dostupné pro 1910 druhů české květeny (~83 % současné flóry bez apomiktů, přechodně zavlečných a vyhynulých druhů). Tyto údaje jsou uspořádány do tabulky a doplněny údaji o počtu chromozomů, ploidní úrovni a vypočtené monoploidní velikosti genomu. V článku přinášíme popisnou analýzu tohoto datového souboru a diskutujeme o některých cytogeograficky pozoruhodných poznatcích. Tento přehled představuje největší a nejúplnější soubor genomických dat pro květenu jednoho státu. Zde prezentované výsledky tvoří základ karyologické části české databáze druhových vlastností Pladias (www.pladias.cz) a budou využity pro analýzy evoluce a biologického významu obou měřených genomických parametrů.
Návaznosti
| GA14-30313S, projekt VaV |
| ||
| GA17-21053S, projekt VaV |
| ||
| GA19-13231S, projekt VaV |
| ||
| GA19-18545S, projekt VaV |
| ||
| GB14-36079G, projekt VaV |
|