k 2019

Výskyt plazmidově vázané rezistence ke kolistinu u bakterií z odpadních vod v České republice

BARÁKOVÁ, Alžběta, Tereza GELBÍČOVÁ, Martina FLORIANOVÁ a Renata KARPÍŠKOVÁ

Základní údaje

Originální název

Výskyt plazmidově vázané rezistence ke kolistinu u bakterií z odpadních vod v České republice

Název česky

Výskyt plazmidově vázané rezistence ke kolistinu u bakterií z odpadních vod v České republice

Autoři

BARÁKOVÁ, Alžběta, Tereza GELBÍČOVÁ, Martina FLORIANOVÁ a Renata KARPÍŠKOVÁ

Vydání

Tomáškovy dny mladých mikrobiologů, 2019

Další údaje

Typ výsledku

Prezentace na konferencích

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

ISBN

978-80-210-9296-9
Změněno: 12. 6. 2019 09:39, Mgr. Alžběta Kalová, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Voda z čistírny odpadních vod (ČOV) může sloužit jako rezervoár bakterií rezistentních k antimikrobikům, včetně kolistinu využívanému k léčbě infekcí vyvolaných multirezistentními gram-negativními bakteriemi. Sledování genů rezistence v odpadních vodách napomáhá predikovat výskyt bakterií rezistentních k antimikrobiálním látkám v populaci lidí, zvířat a prostředí. Cílem této pilotní studie bylo sledovat výskyt genů mcr kódujících plazmidově vázanou rezistenci ke kolistinu v odpadních vodách ČR, detekovat tyto bakterie a blíže je charakterizovat. Celkem bylo vyšetřeno 14 vzorků odpadních vod pocházejících z ČOV v Jihomoravském (n=11) a Středočeském kraji (n=3) odebraných v letech 2018 – 2019 (březen). 25 ml vzorku bylo pomnoženo v pufrované peptonové vodě a inkubováno při 37 °C přes noc. Poté byla izolována celková DNA a metodou PCR detekovány geny mcr-1 až mcr-8. Současně byla provedena inokulace na Brilliance UTI Clarity agar s přídavkem kolistinu (3,5 mg/L). Získané izoláty byly identifikovány metodou hmotnostní spektrometrie (MALDI-TOF MS) a přítomnost genů mcr byla ověřena metodou PCR. U vybraných izolátů (n=7) byla provedena celogenomová sekvenace (WGS) a detailní analýza genomu (MLST, serotyp, rezistence, přítomnost a charakterizace plazmidů). Všechny vzorky odpadních vod byly po izolaci celkové DNA pozitivní na výskyt některého z mcr genů. Nejčastěji byl detekován gen mcr-1 (13/14) a dále geny mcr-4, mcr-5, mcr-3 a mcr-8 (10/14, 9/14, 8/14 a 1/14). Geny mcr-2, mcr-6 a mcr-7 nebyly v testovaných vzorcích prokázány. Pouze z osmi (57 %) vzorků byly izolovány bakterie nesoucí některý ze sledovaných genů. Bylo získáno 10 izolátů E. coli nesoucích gen mcr-1 a dva izoláty Aeromonas spp. s genem mcr-3. Výsledky WGS prokázaly vysokou heterogenitu (MLST i serotypu) a multirezistenci u testovaných izolátů E. coli. Gen mcr-1 bylo možné lokalizovat u šesti E. coli na plazmidech typu IncX4 (n=4), IncI2 (n=1) a IncP1 (n=1). Výsledky studie potvrzují rozšíření plazmidově vázané rezistence ke kolistinu u bakterií v odpadních vodách v ČR. Možnost horizontálního šíření genů mcr v odpadních vodách a dále ve vnějším prostředí může představovat hrozbu pro veřejné zdraví.

Česky

Voda z čistírny odpadních vod (ČOV) může sloužit jako rezervoár bakterií rezistentních k antimikrobikům, včetně kolistinu využívanému k léčbě infekcí vyvolaných multirezistentními gram-negativními bakteriemi. Sledování genů rezistence v odpadních vodách napomáhá predikovat výskyt bakterií rezistentních k antimikrobiálním látkám v populaci lidí, zvířat a prostředí. Cílem této pilotní studie bylo sledovat výskyt genů mcr kódujících plazmidově vázanou rezistenci ke kolistinu v odpadních vodách ČR, detekovat tyto bakterie a blíže je charakterizovat. Celkem bylo vyšetřeno 14 vzorků odpadních vod pocházejících z ČOV v Jihomoravském (n=11) a Středočeském kraji (n=3) odebraných v letech 2018 – 2019 (březen). 25 ml vzorku bylo pomnoženo v pufrované peptonové vodě a inkubováno při 37 °C přes noc. Poté byla izolována celková DNA a metodou PCR detekovány geny mcr-1 až mcr-8. Současně byla provedena inokulace na Brilliance UTI Clarity agar s přídavkem kolistinu (3,5 mg/L). Získané izoláty byly identifikovány metodou hmotnostní spektrometrie (MALDI-TOF MS) a přítomnost genů mcr byla ověřena metodou PCR. U vybraných izolátů (n=7) byla provedena celogenomová sekvenace (WGS) a detailní analýza genomu (MLST, serotyp, rezistence, přítomnost a charakterizace plazmidů). Všechny vzorky odpadních vod byly po izolaci celkové DNA pozitivní na výskyt některého z mcr genů. Nejčastěji byl detekován gen mcr-1 (13/14) a dále geny mcr-4, mcr-5, mcr-3 a mcr-8 (10/14, 9/14, 8/14 a 1/14). Geny mcr-2, mcr-6 a mcr-7 nebyly v testovaných vzorcích prokázány. Pouze z osmi (57 %) vzorků byly izolovány bakterie nesoucí některý ze sledovaných genů. Bylo získáno 10 izolátů E. coli nesoucích gen mcr-1 a dva izoláty Aeromonas spp. s genem mcr-3. Výsledky WGS prokázaly vysokou heterogenitu (MLST i serotypu) a multirezistenci u testovaných izolátů E. coli. Gen mcr-1 bylo možné lokalizovat u šesti E. coli na plazmidech typu IncX4 (n=4), IncI2 (n=1) a IncP1 (n=1). Výsledky studie potvrzují rozšíření plazmidově vázané rezistence ke kolistinu u bakterií v odpadních vodách v ČR. Možnost horizontálního šíření genů mcr v odpadních vodách a dále ve vnějším prostředí může představovat hrozbu pro veřejné zdraví.