VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btz386.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels
Název česky CaverDock: na molekulovém dokingu založený nástroj k analýze transportu ligandu skrz tunely a kanály v proteinech
Autoři VÁVRA, Ondřej (203 Česko, domácí), Jiří FILIPOVIČ (203 Česko, garant, domácí), Jan PLHÁK (203 Česko, domácí), David BEDNÁŘ (203 Česko, domácí), Sérgio Manuel MARQUES (620 Portugalsko, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česko, domácí), Jan ŠTOURAČ (203 Česko, domácí), Luděk MATYSKA (203 Česko, domácí) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česko, domácí).
Vydání Bioinformatics, Oxford, Oxford University Press, 2019, 1367-4803.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10602 Biology , Evolutionary biology
Stát vydavatele Velká Británie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW Full Text
Impakt faktor Impact factor: 5.610
Kód RIV RIV/00216224:14310/19:00110114
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386
UT WoS 000506808900016
Klíčová slova anglicky HALOALKANE DEHALOGENASE LINB; ENERGY LANDSCAPE; ACTIVE-SITE; DYNAMICS; MECHANISM; BINDING; RECOGNITION; KINETICS
Štítky J-D1, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 24. 3. 2020 12:47.
Anotace
Motivation Protein tunnels and channels are key transport pathways that allow ligands to pass between proteins’ external and internal environments. These functionally important structural features warrant detailed attention. It is difficult to study the ligand binding and unbinding processes experimentally, while molecular dynamics simulations can be time-consuming and computationally demanding. Results CaverDock is a new software tool for analysing the ligand passage through the biomolecules. The method uses the optimized docking algorithm of AutoDock Vina for ligand placement docking and implements a parallel heuristic algorithm to search the space of possible trajectories. The duration of the simulations takes from minutes to a few hours. Here we describe the implementation of the method and demonstrate CaverDock’s usability by: (i) comparison of the results with other available tools, (ii) determination of the robustness with large ensembles of ligands and (iii) the analysis and comparison of the ligand trajectories in engineered tunnels. Thorough testing confirms that CaverDock is applicable for the fast analysis of ligand binding and unbinding in fundamental enzymology and protein engineering.
Anotace česky
Motivace Tunely a kanály v proteinech jsou klíčové transportní cesty, které umožňují ligandům projít mezi vnějším a vnitřním prostředí proteinu. Tyto funkčně důležité strukturní vlastnosti přitahují detailní pozornost. Experimentální studium navázání a odchodu ligandu je složité, zatímco studium pomocí molekulové dynamiky může být časově a výpočetně náročné. Výsledky CaverDock je nový softwareový nástroj pro analýzu průchodu ligandu skrz biomolekuly. Tato metoda využívá optimalizovaný dokovací algoritmus z AutoDock Vina pro umístění ligandu a implementuje paralelní heuristický algoritmus k prohledávání prostoru možných trajektorií. Čas simulací vyžaduje od munut po několik hodin. V tomto článku vysvětlujeme implementaci metody a demonstrujeme použitelnost CaverDocku pomocí: (i) porovnání výsledků s ostatními dostupnými nástroji, (ii) určení robustnosti na velkém ensamblu ligandů a (iii) analýzy a porovnání trajektorií ligandu v uměle modifikovaných tunelech. Testování potvrzuejže CaverDock je použitelný pro rychlou analýzu navázání a odchodu ligandu ve fundamentální enzymologii a proteinovém inženýrství.
Návaznosti
EF16_013/0001761, projekt VaVNázev: RECETOX RI
LM2015047, projekt VaVNázev: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velké infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace
LM2015055, projekt VaVNázev: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velké infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace
LM2015085, projekt VaVNázev: CERIT Scientific Cloud (Akronym: CERIT-SC)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velké infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace
814418, interní kód MUNázev: Synthetic biology-guided engineering of Pseudomonas putida for biofluorination (Akronym: SinFonia)
Investor: Evropská unie, Horizon 2020, Leadership in enabling and industrial technologies (LEIT) (Industrial Leadership)
VytisknoutZobrazeno: 5. 7. 2020 04:15