2019
Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport
ŠTOURAČ, Jan; Ondřej VÁVRA; Piia Pauliina KOKKONEN; Jiří FILIPOVIČ; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO et al.Základní údaje
Originální název
Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport
Název česky
Caver Web 1.0: identifikace tunelů a kanálů v proteinech a analýza transportu ligandu
Autoři
ŠTOURAČ, Jan; Ondřej VÁVRA; Piia Pauliina KOKKONEN; Jiří FILIPOVIČ; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Jan BREZOVSKÝ; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ
Vydání
Nucleic acids research, Oxford, Oxford University Press, 2019, 0305-1048
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10608 Biochemistry and molecular biology
Stát vydavatele
Velká Británie a Severní Irsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 11.502
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/19:00110115
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
EID Scopus
Klíčová slova anglicky
BINDING; STABILITY; MECHANISM; MYOGLOBIN; MIGRATION; DYNAMICS; KINETICS; PATHWAY; ENZYMES; SERVER
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 15. 2. 2023 22:14, Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D.
V originále
Caver Web 1.0 is a web server for comprehensive analysis of protein tunnels and channels, and study of the ligands’ transport through these transport pathways. Caver Web is the first interactive tool allowing both the analyses within a single graphical user interface. The server is built on top of the abundantly used tunnel detection tool Caver 3.02 and CaverDock 1.0 enabling the study of the ligand transport. The program is easy-to-use as the only required inputs are a protein structure for a tunnel identification and a list of ligands for the transport analysis. The automated guidance procedures assist the users to set up the calculation in a way to obtain biologically relevant results. The identified tunnels, their properties, energy profiles and trajectories for ligands’ passages can be calculated and visualized. The tool is very fast (2–20 min per job) and is applicable even for virtual screening purposes. Its simple setup and comprehensive graphical user interface make the tool accessible for a broad scientific community. The server is freely available at https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb.
Česky
Caver Web 1.0 je webový server pro komplexní analýzu tunelů a kanálů v proteinech a pro studium transportu ligandu přes tyto transportní cesty. Caver Web je první interaktivní nástroj umožňující obě analýzy v jednom grafickém uživatelském rozhraní. Server je vybudován nad hojně užívaným nástrojem pro detekci tunelů Caver 3.02 a nad CaverDock 1.0 umožňujícím studium transportu ligandů. Program se snadno ovládá, jelikož vyžaduje pouze strukturu proteinu pro identifikaci tunelů a seznam ligandů pro analýzu transportu. Procedury pro automatické nastavení výpočtů asistují uživatelům tak, aby získali biologicky relevantní výsledky. Identifikované tunely, jejich vlastnosti, energetické profily a trajektorie průchodů ligandů mohou být spočítány a vizualizovány. Nástroj je velmi rychlý (2-20 minut na úlohu) a je použitelný dokonce pro virtuální screening. Jeho snadné nastavení a ucelené grafické rozhraní dělá nástroj přístupným pro širokou vědeckou komunitu. Server je volně k dispozici na https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb.
Návaznosti
| ED3.2.00/08.0144, projekt VaV |
| ||
| EF16_013/0001761, projekt VaV |
| ||
| LM2010005, projekt VaV |
| ||
| LM2015047, projekt VaV |
| ||
| LM2015055, projekt VaV |
| ||
| 814418, interní kód MU |
|
