FURMANOVÁ, Katarína, Adam JURČÍK, Barbora KOZLÍKOVÁ, Helwig HAUSER a Jan BYŠKA. Multiscale Visual Drilldown for the Analysis of Large Ensembles of Multi-Body Protein Complexes. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE, 2020, roč. 26, č. 1, s. 843-852. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2019.2934333.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Multiscale Visual Drilldown for the Analysis of Large Ensembles of Multi-Body Protein Complexes
Autoři FURMANOVÁ, Katarína (703 Slovensko, domácí), Adam JURČÍK (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí), Helwig HAUSER a Jan BYŠKA (203 Česká republika, domácí).
Vydání IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, IEEE, 2020, 1077-2626.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Kanada
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 4.579
Kód RIV RIV/00216224:14330/20:00113971
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1109/TVCG.2019.2934333
UT WoS 000506166100078
Klíčová slova anglicky Molecular Visualization; Data Filtering; Coordinated and Multiple Views
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 07:54.
Anotace
When studying multi-body protein complexes, biochemists use computational tools that can suggest hundreds or thousands of their possible spatial configurations. However, it is not feasible to experimentally verify more than only a very small subset of them. In this paper, we propose a novel multiscale visual drilldown approach that was designed in tight collaboration with proteomic experts, enabling a systematic exploration of the configuration space. Our approach takes advantage of the hierarchical structure of the data – from the whole ensemble of protein complex configurations to the individual configurations, their contact interfaces, and the interacting amino acids. Our new solution is based on interactively linked 2D and 3D views for individual hierarchy levels and at each level, we offer a set of selection and filtering operations enabling the user to narrow down the number of configurations that need to be manually scrutinized. Furthermore, we offer a dedicated filter interface, which provides the users with an overview of the applied filtering operations and enables them to examine their impact on the explored ensemble. This way, we maintain the history of the exploration process and thus enable the user to return to an earlier point of the exploration. We demonstrate the effectiveness of our approach on two case studies conducted by collaborating proteomic experts.
Návaznosti
GC18-18647J, projekt VaVNázev: Vizuální analýza interakcí proteinů a ligandů (Akronym: PROLINT)
Investor: Grantová agentura ČR, Visual Analysis of Protein-Ligand Interactions
MUNI/A/1040/2018, interní kód MUNázev: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity 19 (Akronym: SKOMU)
Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity 19, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
MUNI/M/0822/2015, interní kód MUNázev: Expressive Visualization of Protein Complexes
Investor: Masarykova univerzita, Expressive Visualization of Protein Complexes, INTERDISCIPLINARY - Mezioborové výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 09:32