Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim

D 2019

Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim

ŠAFRÁNEK, David, Matej TROJÁK, Vojtěch BRŮŽA, Tomáš VEJPUSTEK, Jan PAPOUŠEK et. al.

Základní údaje

Originální název

Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim

Autoři

ŠAFRÁNEK, David (203 Česká republika, garant, domácí), Matej TROJÁK (703 Slovensko, domácí), Vojtěch BRŮŽA (203 Česká republika, domácí), Tomáš VEJPUSTEK (203 Česká republika), Jan PAPOUŠEK (203 Česká republika), Martin DEMKO (703 Slovensko, domácí), Samuel PASTVA (703 Slovensko, domácí), Aleš PEJZNOCH (203 Česká republika) a Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí)

Vydání

LNBI 11773. Neuveden, Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2019), od s. 356-359, 4 s. 2019

Nakladatel

Springer

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/19:00107671

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-030-31303-6

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-31304-3_26

UT WoS

000557875100026

Klíčová slova anglicky

systems biology; robustness analysis; STL

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 15. 4. 2021 12:11, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Anotace

V originále

In our previous work, we have introduced an extension of signal temporal logic called STL* that allows expressing freezing of values referred within temporal operators. The extension is important especially to express several aspects of signals that cannot be expressed in plain STL (e.g., presence of local extremes and their mutual relationships, nontrivial oscillatory behaviour such as damped oscillations, etc.). In this short paper, we address the tool Parasim that includes an implementation of the algorithm for computing robustness with respect to an STL* specification. The tool is in its current version considered as a prototype implementation of the algorithms for STL* robust monitoring of ODE models.

Návaznosti

GA15-11089S, projekt VaV

Název: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

Investor: Grantová agentura ČR, Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů

LM2015055, projekt VaV

Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology

MUNI/A/1018/2018, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VIII.

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VIII., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

ŠAFRÁNEK, David, Matej TROJÁK, Vojtěch BRŮŽA, Tomáš VEJPUSTEK, Jan PAPOUŠEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, Aleš PEJZNOCH a Luboš BRIM. Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim. In Bortolussi L., Sanguinetti G. Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2019). LNBI 11773. Neuveden: Springer, 2019, s. 356-359. ISBN 978-3-030-31303-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-31304-3_26.

@inproceedings{1561203,
   author = {Šafránek, David and Troják, Matej and Brůža, Vojtěch and Vejpustek, Tomáš and Papoušek, Jan and Demko, Martin and Pastva, Samuel and Pejznoch, Aleš and Brim, Luboš},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2019)},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-31304-3_26},
   edition = {LNBI 11773},
   editor = {Bortolussi L., Sanguinetti G.},
   keywords = {systems biology; robustness analysis; STL},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   isbn = {978-3-030-31303-6},
   pages = {356-359},
   publisher = {Springer},
   title = {Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim},
   year = {2019}
}

TY  - JOUR
ID  - 1561203
AU  - Šafránek, David - Troják, Matej - Brůža, Vojtěch - Vejpustek, Tomáš - Papoušek, Jan - Demko, Martin - Pastva, Samuel - Pejznoch, Aleš - Brim, Luboš
PY  - 2019
TI  - Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim
PB  - Springer
CY  - Neuveden
SN  - 9783030313036
KW  - systems biology
KW  - robustness analysis
KW  - STL
N2  - In our previous work, we have introduced an extension of signal temporal logic called STL* that allows expressing freezing of values referred within temporal operators. The extension is important especially to express several aspects of signals that cannot be expressed in plain STL (e.g., presence of local extremes and their mutual relationships, nontrivial oscillatory behaviour such as damped oscillations, etc.). In this short paper, we address the tool Parasim that includes an implementation of the algorithm for computing robustness with respect to an STL* specification. The tool is in its current version considered as a prototype implementation of the algorithms for STL* robust monitoring of ODE models.
ER  -

ŠAFRÁNEK, David, Matej TROJÁK, Vojtěch BRŮŽA, Tomáš VEJPUSTEK, Jan PAPOUŠEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, Aleš PEJZNOCH a Luboš BRIM. Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim. In Bortolussi L., Sanguinetti G. \textit{Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2019)}. LNBI 11773. Neuveden: Springer, 2019, s.~356-359. ISBN~978-3-030-31303-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-31304-3\_{}26.

Podrobný výpis o publikaci