a 2019

Partial atomic charges for proteins

SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA

Základní údaje

Originální název

Partial atomic charges for proteins

Autoři

SCHINDLER, Ondřej (203 Česká republika, domácí), Tomáš RAČEK (203 Česká republika, domácí), Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí)

Vydání

ELIXIR CZ Annual Conference 2019, 2019

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14740/19:00111277

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

ISBN

978-80-86241-61-6

Klíčová slova anglicky

Partial atomic charges; proteins

Štítky

Změněno: 26. 3. 2020 16:49, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.

Anotace

V originále

The concept of partial atomic charges proved as very useful in many fields of chemistry. In general, partial atomic charges are an approximation of electron densities in orbitals to real numbers related to atoms. However, since using the quantum chemistry method for calculation of partial charges is computationally demanding, a large number of empirical methods have been developed to speed-up the calculation. These empirical methods were successfully calibrated (parameterized) for small molecules. Their usage for proteins is still challenging. In my contribution, I discuss an applicability of selected empirical methods (including a novel approach ACKS2) in combination with several atomic types definition for calculation of charges in proteins.

Návaznosti

LQ1601, projekt VaV
Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020