2019
Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study
BRUGGEMANN, M., M. KOTROVA, H. KNECHT, J. BARTRAM, M. BOUDJOGRHA et. al.Základní údaje
Originální název
Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study
Autoři
BRUGGEMANN, M. (276 Německo), M. KOTROVA (203 Česká republika), H. KNECHT (276 Německo), J. BARTRAM (826 Velká Británie a Severní Irsko), M. BOUDJOGRHA (250 Francie), Vojtěch BYSTRÝ (203 Česká republika, domácí), G. FAZIO (380 Itálie), E. FRONKOVA (203 Česká republika), M. GIRAUD (250 Francie), A. GRIONI (250 Francie), J. HANCOCK (826 Velká Británie a Severní Irsko), D. HERRMANN (276 Německo), C. JIMENEZ (724 Španělsko), Adam KREJČÍ (203 Česká republika, domácí), J. MOPPETT (826 Velká Británie a Severní Irsko), Tomáš REIGL (203 Česká republika, domácí), M. SALSON (250 Francie), B. SCHEIJEN (528 Nizozemské království), M. SCHWARZ (276 Německo), S. SONGIA (380 Itálie), M. SVATON (203 Česká republika), J.J.M. VAN DONGEN (528 Nizozemské království), P. VILLARESE (250 Francie), S. WAKEMAN (826 Velká Británie a Severní Irsko), G. WRIGHT (826 Velká Británie a Severní Irsko), G. CAZZANIGA (380 Itálie), F. DAVI (250 Francie), R. GARCIA-SANZ (724 Španělsko), D. GONZALEZ (372 Irsko), P.J.T.A. GROENEN (528 Nizozemské království), M. HUMMEL (372 Irsko), E.A. MACINTYRE (250 Francie), K. STAMATOPOULOS (300 Řecko), C. POTT (276 Německo), J. TRKA (203 Česká republika), Nikos DARZENTAS (300 Řecko, garant, domácí) a A.W. LANGERAK (528 Nizozemské království)
Vydání
Leukemia, London, Nature Publishing Group, 2019, 0887-6924
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
30204 Oncology
Stát vydavatele
Velká Británie a Severní Irsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 8.665
Kód RIV
RIV/00216224:14740/19:00108540
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
UT WoS
000484399300009
Klíčová slova anglicky
MINIMAL RESIDUAL DISEASE; TIME QUANTITATIVE PCR; CONCERTED ACTION; BONE-MARROW; REARRANGEMENTS; RELAPSE; HEAVY; QUANTIFICATION; CHILDREN; PRIMERS
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 24. 10. 2024 16:30, Ing. Marie Švancarová
Anotace
V originále
Amplicon-based next-generation sequencing (NGS) of immunoglobulin (IG) and T-cell receptor (TR) gene rearrangements for clonality assessment, marker identification and quantification of minimal residual disease (MRD) in lymphoid neoplasms has been the focus of intense research, development and application. However, standardization and validation in a scientifically controlled multicentre setting is still lacking. Therefore, IG/TR assay development and design, including bioinformatics, was performed within the EuroClonality-NGS working group and validated for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia (ALL). Five EuroMRD ALL reference laboratories performed IG/TR NGS in 50 diagnostic ALL samples, and compared results with those generated through routine IG/TR Sanger sequencing. A central polytarget quality control (cPT-QC) was used to monitor primer performance, and a central in-tube quality control (cIT-QC) was spiked into each sample as a library-specific quality control and calibrator. NGS identified 259 (average 5.2/sample, range 0-14) clonal sequences vs. Sanger-sequencing 248 (average 5.0/sample, range 0-14). NGS primers covered possible IG/TR rearrangement types more completely compared with local multiplex PCR sets and enabled sequencing of bi-allelic rearrangements and weak PCR products. The cPT-QC showed high reproducibility across all laboratories. These validated and reproducible quality-controlled EuroClonality-NGS assays can be used for standardized NGS-based identification of IG/TR markers in lymphoid malignancies.
Návaznosti
LM2015085, projekt VaV |
| ||
NV16-34272A, projekt VaV |
| ||
90091, velká výzkumná infrastruktura |
|