Globální analýza NF-κB proteinových komplexů v modelu luminálních A nádorů prsu pomocí SEC-LC-MS/MS

LAPČÍK, Petr, David POTĚŠIL a Pavel BOUCHAL. Globální analýza NF-κB proteinových komplexů v modelu luminálních A nádorů prsu pomocí SEC-LC-MS/MS. In 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 36. 2019.

Základní údaje

• Originální název: Globální analýza NF-κB proteinových komplexů v modelu luminálních A nádorů prsu pomocí SEC-LC-MS/MS
• Název česky: Globální analýza NF-κB proteinových komplexů v modelu luminálních A nádorů prsu pomocí SEC-LC-MS/MS
• Název anglicky: Global analysis of NF-κB protein complexes in luminal A breast cancer model using SEC-LC-MS/MS
• Autoři: LAPČÍK, Petr, David POTĚŠIL a Pavel BOUCHAL.
• Vydání: 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 36. 2019.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta

Anotace

Rodina transkripčních faktorů NF-κB hraje zásadní úlohu při regulaci imunitní odpovědi, angiogeneze, proliferace a buněčné smrti. V naší předchozí práci jsme identifikovali panel proteinů NF-κB dráhy související s metastazováním do lymfatických uzlin u luminálních A nádorů prsu [1]. Inhibice NF-κB tak hypoteticky představuje anti-metastatický terapeutický přístup pro tuto skupinu nádorů. Členové NF-κB dráhy formují homo- či heterodimerní komplexy, které jsou modulovány v závislosti na stavu aktivace NF-κB dráhy. Analýza celkového interaktomu v odpovědi na modulaci NF-κB dráhy ve vhodném buněčném modelu tak představuje zcela nový přístup k detailnímu objasnění úlohy NF-κB komplexů ve vztahu k metastazování. Pro analýzu složení proteinových komplexů NF-kB dráhy jsme adaptovali techniku založenou na kombinaci gelové permeační chromatografie proteinů (SEC) nativně izolovaných z nádorové buněčné linie MCF-7, jejich proteolytickém štěpení a LC-MS/MS analýze peptidů na hmotnostním spektrometru Impact II (Bruker) ([2] s modifikacemi). Pomocí software MaxQuant bylo ve 34 proteinových frakcích identifikováno 4762 proteinových skupin reprezentovaných 38983 peptidy (FDR=0.01). Relativní kvantifikace metodou „spectral counting“ ukázala přítomnost řady proteinů NF-κB komplexů ve frakcích odpovídajících molekulovým hmotnostem >600 kDa, což ukazuje na jejich úspěšnou identifikaci v nativních proteinových komplexech. Jedná se o proteiny kanonické NF-κB dráhy - centrální transkripční regulátor NF-κB dráhy p65/RELA, protoonkogen c-Rel, NF-κB faktor p105 a jeho aktivní formu p50, dále přirozené NF-κB inhibitory IkB-beta a IkB-epsilon a dále o protein nekanonické NF-κB dráhy p100 a jeho aktivní formu p52. Mapování NF-κB komplexů v globálním kontextu interaktomu a pochopení perturbací NF-κB komplexů v odpovědi na biologické stimuly umožní odhalit nové funkční vztahy NF-κB faktorů, které povedou k objasnění a lepšímu pochopení prometastatických dějů řízených NF-κB dráhou u luminálních A nádorů prsu. Reference: [1] Bouchal, P. et al., Mol Cell Proteomics, 2015, 14(7):1814-30. [2] Kristensen, A.R. et al.,Nat Methods, 2012, 9(9):907-9.

Návaznosti

• GA17-05957S, projekt VaV: Název: Evaluace nových potenciálních cílů a inhibitorů pro blokování vývoje metastáz u luminálních A nádorů prsu

Investor: Grantová agentura ČR, Evaluace nových potenciálních cílů a inhibitorů pro blokování vývoje metastáz u luminálních A nádorů prsu

• LM2015043, projekt VaV: Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology

• MUNI/A/1575/2018, interní kód MU: Název: Podpora biochemického výzkumu v roce 2019

Investor: Masarykova univerzita, Podpora biochemického výzkumu v roce 2019, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty