Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas
prosekii: insights into adaptation to extreme conditions

J 2020

Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions

SNOPKOVÁ, Kateřina, Darina ČEJKOVÁ, Kristýna DUFKOVÁ, Ivo SEDLÁČEK, David ŠMAJS et. al.

Základní údaje

Originální název

Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions

Autoři

SNOPKOVÁ, Kateřina (203 Česká republika, domácí), Darina ČEJKOVÁ (203 Česká republika), Kristýna DUFKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Ivo SEDLÁČEK (203 Česká republika, domácí) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Archives of Microbiology, New York, Springer, 2020, 0302-8933

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10606 Microbiology

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Full Text

Impakt faktor

Impact factor: 2.552

Kód RIV

RIV/00216224:14110/20:00113999

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/s00203-019-01755-4

UT WoS

000494779700002

Klíčová slova anglicky

Pseudomonas prosekii; Extremophile; Psychrotolerant; Cold adaptation; James Ross Island; Antarctica

Štítky

14110513, CF GEN, podil, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 15. 7. 2020 08:51, Mgr. Tereza Miškechová

Anotace

V originále

Pseudomonas prosekii is a recently described species isolated exclusively from James Ross Island close to the Antarctic Peninsula at 64 degrees south latitude. Here, we present two P. prosekii genome sequences and their analyses with respect to phylogeny, low temperature adaptation, and potential biotechnological applications. The genome of P. prosekii P2406 comprised 5,896,482 bp and 5324 genes (GC content of 59.71%); the genome of P. prosekii P2673 consisted of 6,087,670 bp and 5511 genes (GC content of 59.50%). Whole genome sequence comparisons confirmed a close relationship between both investigated strains and strain P. prosekii LMG 26867(T). Gene mining revealed the presence of genes involved in stress response, genes encoding cold shock proteins, oxidative stress proteins, osmoregulation proteins, genes for the synthesis of protection molecules, and siderophores. Comparative genome analysis of P. prosekii and P. aeruginosa PAO1 highlighted differences in genome content between extremophile species and a mesophilic opportunistic pathogen.

Návaznosti

GA16-21649S, projekt VaV

Název: Molekulární charakterizace nových bakteriocinů identifikovaných v rodech Escherichia a Shigella

Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární charakterizace nových bakteriocinů identifikovaných v rodech Escherichia a Shigella

LM2015078, projekt VaV

Název: Česká polární výzkumná infrastruktura (Akronym: CzechPolar2)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Polar Research Infrastructure

LM2015091, projekt VaV

Název: Národní centrum lékařské genomiky (Akronym: NCLG)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Národní centrum lékařské genomiky

MUNI/A/1087/2018, interní kód MU

Název: Molekulární a buněčná biologie pro biomedicínské vědy

Investor: Masarykova univerzita, Molekulární a buněčná biologie pro biomedicínské vědy, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

SNOPKOVÁ, Kateřina, Darina ČEJKOVÁ, Kristýna DUFKOVÁ, Ivo SEDLÁČEK a David ŠMAJS. Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions. Archives of Microbiology. New York: Springer, 2020, roč. 202, č. 3, s. 447-454. ISSN 0302-8933. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00203-019-01755-4.

@article{1591638,
   author = {Snopková, Kateřina and Čejková, Darina and Dufková, Kristýna and Sedláček, Ivo and Šmajs, David},
   article_location = {New York},
   article_number = {3},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/s00203-019-01755-4},
   keywords = {Pseudomonas prosekii; Extremophile; Psychrotolerant; Cold adaptation; James Ross Island; Antarctica},
   language = {eng},
   issn = {0302-8933},
   journal = {Archives of Microbiology},
   title = {Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions},
   url = {https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00203-019-01755-4},
   volume = {202},
   year = {2020}
}

TY  - JOUR
ID  - 1591638
AU  - Snopková, Kateřina - Čejková, Darina - Dufková, Kristýna - Sedláček, Ivo - Šmajs, David
PY  - 2020
TI  - Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions
JF  - Archives of Microbiology
VL  - 202
IS  - 3
SP  - 447-454
EP  - 447-454
PB  - Springer
SN  - 03028933
KW  - Pseudomonas prosekii
KW  - Extremophile
KW  - Psychrotolerant
KW  - Cold adaptation
KW  - James Ross Island
KW  - Antarctica
UR  - https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00203-019-01755-4
L2  - https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00203-019-01755-4
N2  - Pseudomonas prosekii is a recently described species isolated exclusively from James Ross Island close to the Antarctic Peninsula at 64 degrees south latitude. Here, we present two P. prosekii genome sequences and their analyses with respect to phylogeny, low temperature adaptation, and potential biotechnological applications. The genome of P. prosekii P2406 comprised 5,896,482 bp and 5324 genes (GC content of 59.71%); the genome of P. prosekii P2673 consisted of 6,087,670 bp and 5511 genes (GC content of 59.50%). Whole genome sequence comparisons confirmed a close relationship between both investigated strains and strain P. prosekii LMG 26867(T). Gene mining revealed the presence of genes involved in stress response, genes encoding cold shock proteins, oxidative stress proteins, osmoregulation proteins, genes for the synthesis of protection molecules, and siderophores. Comparative genome analysis of P. prosekii and P. aeruginosa PAO1 highlighted differences in genome content between extremophile species and a mesophilic opportunistic pathogen.
ER  -

SNOPKOVÁ, Kateřina, Darina ČEJKOVÁ, Kristýna DUFKOVÁ, Ivo SEDLÁČEK a David ŠMAJS. Genome sequences of two Antarctic strains of Pseudomonas prosekii: insights into adaptation to extreme conditions. \textit{Archives of Microbiology}. New York: Springer, 2020, roč.~202, č.~3, s.~447-454. ISSN~0302-8933. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00203-019-01755-4.

Podrobný výpis o publikaci