BOUCHAL, Pavel, Petr LAPČÍK, Jakub FAKTOR a David POTĚŠIL. DDA, DIA, či directDIA: závisle, s knihovnou či bez? Praktické porovnání přístupů pro různé typy proteomických experimentů. In 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 35. 2019.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název DDA, DIA, či directDIA: závisle, s knihovnou či bez? Praktické porovnání přístupů pro různé typy proteomických experimentů
Název anglicky DDA, DIA, or directDIA: dependently, with library, or without? Practical comparison of approaches for different types of proteomics experiments
Autoři BOUCHAL, Pavel, Petr LAPČÍK, Jakub FAKTOR a David POTĚŠIL.
Vydání 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 35. 2019.
Další údaje
Originální jazyk čeština
Typ výsledku Prezentace na konferencích
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
Změnil Změnil: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757. Změněno: 24. 1. 2020 10:42.
Anotace
Datově závislý sběr dat (data-dependent acquisition, DDA) je konvenční proteomickou akviziční technikou pro on-line kombinaci kapalinové chromatografie (LC) a hmotnostní-spektrometrie (MS). DDA-MS je postavena na výběru omezeného počtu nejintenzivnějších prekurzorových iontů v okamžiku jejich eluce a jejich fragmentaci. V posledních letech se dále intenzivně rozvíjí přístup na bázi datově nezávislého sběru dat (data independent acquisition, DIA), který je postaven na výběru prekurzorů v širokých oknech a jejich fragmentaci. Hlavní výhodou DIA je konzistentní peptidová kvantifikace ve studiích o velkém počtu vzorků, umožňující klasifikaci na základě proteotypů [1]. Zatímco klasický DIA přístup vyžaduje tvorbu spektrální knihovny, directDIA přístup postavený na algoritmu DIA Umpire zahrnuje databázové prohledávání z DIA dat [2]. Cílem prezentace bude porovnat výsledky aplikace těchto přístupů v různých typech proteomických experimentů. V rámci prezentace budou diskutovány výsledky tří studií: (i) budou srovnány výsledky měření souborů tkání nádorů prsu pomocí SuperSILAC, DIA a directDIA, (ii) budou srovnány výsledky z analýzy proteinových frakcí se SILAC-3plex značením pomocí DDA a direct-DIA, (iii) budou srovnány výsledky z funkčně-proteomického experimentu zaměřeného na studium úlohy desmocollinu-1 v buněčné linii odvozené od luminálního nádoru prsu pomocí DDA a directDIA. Data ukazují, že (direct)DIA je vysoce kompetitivní přístup ke konvenční DDA s label-free kvantifikací, kde dosahuje srovnatelného či lepšího pokrytí proteomu, navíc s výrazně konzistentnější kvantifikací v MS2 módu vedoucí ke kompletní datové matrici. To předurčuje DIA k analýze velkých souborů vzorků v klinickém a experimentálním výzkumu.
Návaznosti
GA17-05957S, projekt VaVNázev: Evaluace nových potenciálních cílů a inhibitorů pro blokování vývoje metastáz u luminálních A nádorů prsu
Investor: Grantová agentura ČR, Evaluace nových potenciálních cílů a inhibitorů pro blokování vývoje metastáz u luminálních A nádorů prsu
LM2015043, projekt VaVNázev: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology
MUNI/A/1575/2018, interní kód MUNázev: Podpora biochemického výzkumu v roce 2019
Investor: Masarykova univerzita, Podpora biochemického výzkumu v roce 2019, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
NV19-08-00250, projekt VaVNázev: Proteotypová klasifikace renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Proteotypová klasifikace renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi
VytisknoutZobrazeno: 13. 7. 2024 10:11