Molekulární klasifikace meduloblastomů pomocí celogenomového expresního profilování

NOSKOVÁ, Hana, Soňa ADAMCOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ, Lenka RADOVÁ, Zdeněk PAVELKA, Klára VEJMĚLKOVÁ, Karel ZITTERBART, Ondřej SLABÝ a Jaroslav ŠTĚRBA. Molekulární klasifikace meduloblastomů pomocí celogenomového expresního profilování. Klinická onkologie. Ambit Media a.s., 2019, roč. 32, Supplementum 1, s. 171-173. ISSN 0862-495X.

Základní údaje

• Originální název: Molekulární klasifikace meduloblastomů pomocí celogenomového expresního profilování
• Název anglicky: Molecular Classification of Medullobastomas by Whole Genome Expression Profiling
• Autoři: NOSKOVÁ, Hana (203 Česká republika, domácí), Soňa ADAMCOVÁ (703 Slovensko, domácí), Dana KNOFLÍČKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Lenka RADOVÁ (203 Česká republika, domácí), Zdeněk PAVELKA (203 Česká republika, domácí), Klára VEJMĚLKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Karel ZITTERBART (203 Česká republika, domácí), Ondřej SLABÝ (203 Česká republika, domácí) a Jaroslav ŠTĚRBA (203 Česká republika, garant, domácí).
• Vydání: Klinická onkologie, Ambit Media a.s. 2019, 0862-495X.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 30204 Oncology
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/19:00108586
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova česky: expresní profi lování; personalizovaná medicína; dětská onkologie; meduloblastom
• Klíčová slova anglicky: gene expression profiling; precision medicine; pediatric oncology; medulloblastoma
• Štítky: rivok
• Příznaky: Recenzováno

Anotace

Východiska: Meduloblastom (MB) je nejčastější maligní nádor centrálního nervového systému u dětí. V ČR ročně onemocní tímto nádorem přibližně 10–12 dětí. MB jsou považovány za vysoce rizikové nádory se sklonem k metastazování. Současné pokroky v molekulární diagnostice pomáhají ve zpřesnění diagnózy a předpovědi klinického průběhu onemocnění. V současné době jsou MB rozdělovány do podskupin, a to na základě molekulárních drah řídících jejich vznik, na WNT aktivované, SHH aktivované, skupinu 3 a 4. Jednotlivé podskupiny se liší svou histologií, klinickým průběhem, genomickými změnami a profily genové exprese. Cílem naší studie je klasifikace pacientů s MB do čtyř základních molekulárních skupin a porovnání získaných výsledků s literaturou. Materiál a metody: U pacientů s MB je v rámci naší studie prováděno profilování genových expresí pomocí Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermo Fisher Scientific, MA, USA). Vstupním materiálem je celková RNA izolovaná ze zamražené nádorové tkáně. Samotná klasifikace je založena na metodě vyvinuté P. Northcottem v roce 2011. Výsledky: Od dubna 2015 do února 2019 bylo do naší studie zařazeno celkem 21 pacientů s MB. Medián věku pacienta v době diagnózy byl 6 let, zařazeno bylo 14 chlapců a 7 dívek. U pacientů bylo provedeno profilování genové exprese a následná molekulární klasifikace MB. Zjistili jsme, že nejčastěji zastoupená skupina MB byla skupina 4 (9 pacientů, 43 %), následovala skupina 3 (5 pacientů, 24 %), SHH aktivovaný MB (4 pacienti, 19 %) a nejméně zastoupenou skupinou byl WNT aktivovaný MB (3 pacienti, 14 %). Výsledky stanovení podskupiny MB byly úspěšně korelovány s histopatologickým nálezem a dalšími molekulárně genetickými vyšetřeními. Závěr: Molekulární klasifikace pacientů s MB, která byla zavedena na našem pracovišti, umožňuje lépe porozumět tomuto heterogennímu charakteru onemocnění a pomáhá v terapeutickém plánování.

Anotace anglicky

Background: Medulloblastoma (MB) is the most common malignant tumour of the central nervous system in children. MB is considered to be high risk tumour propensity to metastasize. In the Czech Republic, approximately 10–12 children are affected annually by this tumour. Recent progress in molecular diagnostics helps to refine the diagnosis and estimate clinical prognosis of the disease. Currently, MBs are subclassified into WNT-activated, SHH-activated, group 3, and 4 based on molecular pathways that drive their tumorigenesis. Each subtype differs in its histopathology, clinical features, genomic changes and gene expressions. The aim of our study is to classify patient’s MBs into four basic molecular groups and compare our results with published data. Material and methods: In our study we analysed expression profiles using Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0. ST Array (Thermo Fisher Scientific, MA, USA). As input material RNA extracted from the fresh frozen tissue was used. Molecular classification based on the method established by P. Northcott in 2011 was performed. Results: From April 2015 to February 2019, 21 patients with MBs were included in our study. Median age of the patients at the time of diagnosis was 6 years, 14 boys and 7 girls were enrolled. Gene expression profiling and molecular classification of MBs was performed. Based on this methodology, we found the most frequently represented subgroup of MB was group 4 (9 patients, 43%), followed by group 3 (5 patients, 24%), SHH-activated MB (4 patients, 19%) and the least represented subgroup was WNT-activated MB (3 patients, 14%). Results of molecular subgroup classification of MBs were successfully correlated with histopathological findings and other molecular-genetic examinations. Conclusion: Molecular classification of MBs has been established in our institution allowing better understanding of this heterogeneous disease and helping clinicians in therapeutic planning in affected patients.

Návaznosti

• MUNI/A/1586/2018, interní kód MU: Název: Personalizovaná léčba v dětské onkologii: na cestě k "liquid dynamic medecine" a "N-of-1 clinical trials" (Akronym: Personalizovaná léčba v dětské onkologii)

Investor: Masarykova univerzita, Personalizovaná léčba v dětské onkologii: na cestě k "liquid dynamic medecine" a "N-of-1 clinical trials", DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

• NV16-33209A, projekt VaV: Název: Sekvenování nové generace a expresní profilování jako diagnostický podklad pro návrhy individualizovaných léčebných plánů pro děti se solidními nádory