4D-CHAINS/autoNOE-Rosetta, an automatedpipeline for rapid NMR structure determination

TRIPSIANES, Konstantinos. 4D-CHAINS/autoNOE-Rosetta, an automatedpipeline for rapid NMR structure determination. In EUROISMAR 2019. 2019.

Základní údaje

• Originální název: 4D-CHAINS/autoNOE-Rosetta, an automatedpipeline for rapid NMR structure determination
• Autoři: TRIPSIANES, Konstantinos (300 Řecko, garant, domácí).
• Vydání: EUROISMAR 2019, 2019.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10403 Physical chemistry
• Stát vydavatele: Německo
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/19:00113366
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• Klíčová slova anglicky: 4D-CHAINS/autoNOE-Rosetta; rapid NMR structure determination
• Štítky: rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

The automation of NMR structure determination remains a significant bottleneck towards increasing the throughput and accessibility of NMR as a structural biology tool to study proteins. The chief barrier currently is that obtaining NMR assignments at sufficient levels of completeness to accurately define the structures by conventional methods requires a significant amount of spectrometer time (several weeks), and effort by a trained expert (up to several months). We have recently addressed both bottlenecks by presenting a complete pipeline that meets the key objectives of NMR structure determination; minimal data collection, least human intervention, and applicability to large proteins [1]. Key to our approach was the development of 4D-CHAINS algorithm that provides highly accurate and near-complete NMR resonance assignments from only two 4D spectra. In combination with autoNOE-Rosetta, 4D-CHAINS provides a robust approach leveraging a highly automated process to obtain reliable structures in a matter of days [2, 3]. Besides illustrating the merits of our pipeline for timely NMR structural studies, novel concepts in automation will be discussed aiming to harness the powerful advantages of the next-generation NMR spectrometers with magnetic strengths of 1.2 GHz.

Návaznosti

• LQ1601, projekt VaV: Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020