Image-based Simulations of Tubular Network Formation

SVOBODA, David a Tereza NEČASOVÁ. Image-based Simulations of Tubular Network Formation. Online. In 17th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Neuveden: IEEE, 2020, s. 1608-1612. ISBN 978-1-5386-9330-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI45749.2020.9098736.

Základní údaje

Originální název

Image-based Simulations of Tubular Network Formation

Autoři

SVOBODA, David (203 Česká republika, garant, domácí) a Tereza NEČASOVÁ (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Neuveden, 17th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, od s. 1608-1612, 5 s. 2020

Nakladatel

IEEE

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

elektronická verze "online"

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14330/20:00114090

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-1-5386-9330-8

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1109/ISBI45749.2020.9098736

UT WoS

000578080300336

Klíčová slova anglicky

Light Microscopy; Confocal Microscopy; Fluorescence Microscopy; Cells & molecules; Image synthesis

Štítky

cbia-web, firank_B

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

The image-based simulations in biomedicine play an important role as the real image data are difficult to be fully and precisely annotated. An increasing capability of contemporary computers allows to model and simulate reasonably complicated structures and in the last years also the dynamic processes. In this paper, we introduce a complex 3D model that describes the structure and dynamics of the population of endothelial cells. The model is based on standard cellular Potts model. It describes the formation process of a complex tubular network of endothelial cells fully in 3D together with the simulation of the cell death called apoptosis. The generated network imitates the structure and behavior that can be observed in real phase-contrast microscopy. The generated image data may serve as a benchmark dataset for newly designed detection or tracking algorithms.

---

Návaznosti

EF16_013/0001775, projekt VaV	Název: Modernizace a podpora výzkumných aktivit národní infrastruktury pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging
GA17-05048S, projekt VaV	Název: Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech Investor: Grantová agentura ČR, Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech
LTC17016, projekt VaV	Název: Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk, INTER-COST
MUNI/A/1050/2019, interní kód MU	Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX (Akronym: SV-FI MAV IX) Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty