Parameter Synthesis and Robustness Analysis of Rule-Based
Models

D 2020

Parameter Synthesis and Robustness Analysis of Rule-Based Models

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM

Základní údaje

Originální název

Parameter Synthesis and Robustness Analysis of Rule-Based Models

Autoři

TROJÁK, Matej (703 Slovensko, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, domácí), Lukrécia MERTOVÁ (703 Slovensko, domácí) a Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí)

Vydání

LNCS 12229. Moffett Field, CA, USA, 12th International Symposium on NASA Formal Methods, NFM 2020, od s. 41-59, 19 s. 2020

Nakladatel

Springer

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/20:00114280

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-030-55753-9

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-55754-6_3

UT WoS

000890074700003

Klíčová slova anglicky

rule-based modelling; probabilistic models; parameter synthesis; robustness analysis

Štítky

firank_B

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 16. 8. 2023 13:13, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

We introduce the Quantitative Biochemical Space Language, a rule-based language for a compact modelling of probabilistic behaviour of complex parameter-dependent biological systems. Application of rules is governed by an associated parametrised rate function, expressing partially known information about the behaviour of the modelled system. The parameter values influence the behaviour of the model. We propose a formal verification-based method for the synthesis of parameter values (parameter synthesis) which ensure the behaviour of the modelled system satisfies a given PCTL property. In addition, we demonstrate how this method can be used for robustness analysis.

Návaznosti

GA18-00178S, projekt VaV

Název: Diskrétní bifurkační analýza reaktivních systémů

Investor: Grantová agentura ČR, Diskrétní bifurkační analýza reaktivních systémů

MUNI/A/1050/2019, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX (Akronym: SV-FI MAV IX)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM. Parameter Synthesis and Robustness Analysis of Rule-Based Models. In Ritchie Lee, Susmit Jha, Anastasia Mavridou. 12th International Symposium on NASA Formal Methods, NFM 2020. LNCS 12229. Moffett Field, CA, USA: Springer, 2020, s. 41-59. ISBN 978-3-030-55753-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-55754-6_3.

@inproceedings{1675379,
   author = {Troják, Matej and Šafránek, David and Mertová, Lukrécia and Brim, Luboš},
   address = {Moffett Field, CA, USA},
   booktitle = {12th International Symposium on NASA Formal Methods, NFM 2020},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-55754-6_3},
   edition = {LNCS 12229},
   editor = {Ritchie Lee, Susmit Jha, Anastasia Mavridou},
   keywords = {rule-based modelling; probabilistic models; parameter synthesis; robustness analysis},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Moffett Field, CA, USA},
   isbn = {978-3-030-55753-9},
   pages = {41-59},
   publisher = {Springer},
   title = {Parameter Synthesis and Robustness Analysis of Rule-Based Models},
   url = {https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-55754-6_3},
   year = {2020}
}

TY  - JOUR
ID  - 1675379
AU  - Troják, Matej - Šafránek, David - Mertová, Lukrécia - Brim, Luboš
PY  - 2020
TI  - Parameter Synthesis and Robustness Analysis of Rule-Based Models
PB  - Springer
CY  - Moffett Field, CA, USA
SN  - 9783030557539
KW  - rule-based modelling
KW  - probabilistic models
KW  - parameter synthesis
KW  - robustness analysis
UR  - https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-55754-6_3
L2  - https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-55754-6_3
N2  - We introduce the Quantitative Biochemical Space Language, a rule-based language for a compact modelling of probabilistic behaviour of complex parameter-dependent biological systems. Application of rules is governed by an associated parametrised rate function, expressing partially known information about the behaviour of the modelled system. The parameter values influence the behaviour of the model. We propose a formal verification-based method for the synthesis of parameter values (parameter synthesis) which ensure the behaviour of the modelled system satisfies a given PCTL property. In addition, we demonstrate how this method can be used for robustness analysis.
ER  -

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM. Parameter Synthesis and Robustness Analysis of Rule-Based Models. In Ritchie Lee, Susmit Jha, Anastasia Mavridou. \textit{12th International Symposium on NASA Formal Methods, NFM 2020}. LNCS 12229. Moffett Field, CA, USA: Springer, 2020, s.~41-59. ISBN~978-3-030-55753-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-55754-6\_{}3.

Podrobný výpis o publikaci