2020
Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
KŘENEK, Aleš, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL, Vojtěch SPIWOK et. al.Základní údaje
Originální název
Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
Název česky
Prohledávání prostoru foldování proteinů simulacemí řízenými neuronovou sítí
Autoři
KŘENEK, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí), Jana HOZZOVÁ (703 Slovensko, domácí), Jaroslav OĽHA (703 Slovensko, domácí), Dalibor TRAPL a Vojtěch SPIWOK
Vydání
Brusel, MODELLING AND SIMULATION 2020, od s. 305-309, 5 s. 2020
Nakladatel
EUROSIS-ETI
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Belgie
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
tištěná verze "print"
Odkazy
Kód RIV
RIV/00216224:14610/20:00114384
Organizační jednotka
Ústav výpočetní techniky
ISBN
978-94-92859-12-9
Klíčová slova anglicky
metadyamic; protein folding; netural network
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 29. 4. 2021 10:58, Mgr. Alena Mokrá
Anotace
V originále
We introduce a novel computationally feasible method of exploring protein folding spaces, while working with- out any a priori knowledge of the space, hence over- coming a drawback of previous methods. Since our ap- proach uses random landmark structures without any guarantee of chemical or biological meaning, we use neu- ral networks to extract meaningful features to guide the simulation. The method is described in detail, and its implementation is publicly available. We demonstrate the feasibility of this approach by accelerating the fold- ing of the Trp-Cage miniprotein 20 times.
Návaznosti
| GA19-16857S, projekt VaV |
| ||
| MUNI/A/1050/2019, interní kód MU |
|