eBCSgen: A Software Tool for Biochemical Space Language

D 2020

eBCSgen: A Software Tool for Biochemical Space Language

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM

Základní údaje

Originální název

eBCSgen: A Software Tool for Biochemical Space Language

Autoři

TROJÁK, Matej (703 Slovensko, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí), Lukrécia MERTOVÁ (703 Slovensko, domácí) a Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí)

Vydání

LNBI 12314. Neuveden, 18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2020, od s. 356-361, 6 s. 2020

Nakladatel

Springer

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

elektronická verze "online"

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/20:00114395

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-030-60326-7

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-60327-4_20

Klíčová slova anglicky

rule-based modelling; parameter synthesis; static analysis; Galaxy tool

Štítky

firank_B

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 15. 4. 2021 11:52, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Anotace

V originále

eBCSgen is a tool for development and analysis of models written in Biochemical Space Language (BCSL). BCSL is a rule-based language for biological systems designed to combine compact description with a specific level of abstraction which makes it accessible to users from life sciences. Currently, eBCSgen represents the only tool completely supporting BCSL. It has the form of a command line interface which is integrated into Galaxy – a web-based bioinformatics platform automating data-driven and model-based analysis pipelines

Návaznosti

GA18-00178S, projekt VaV

Název: Diskrétní bifurkační analýza reaktivních systémů

Investor: Grantová agentura ČR, Diskrétní bifurkační analýza reaktivních systémů

MUNI/A/1050/2019, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX (Akronym: SV-FI MAV IX)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM. eBCSgen: A Software Tool for Biochemical Space Language. Online. In Abate A., Petrov T., Wolf V. 18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2020. LNBI 12314. Neuveden: Springer, 2020, s. 356-361. ISBN 978-3-030-60326-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-60327-4_20.

@inproceedings{1687203,
   author = {Troják, Matej and Šafránek, David and Mertová, Lukrécia and Brim, Luboš},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2020},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-60327-4_20},
   edition = {LNBI 12314},
   editor = {Abate A., Petrov T., Wolf V.},
   keywords = {rule-based modelling; parameter synthesis; static analysis; Galaxy tool},
   howpublished = {elektronická verze "online"},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   isbn = {978-3-030-60326-7},
   pages = {356-361},
   publisher = {Springer},
   title = {eBCSgen: A Software Tool for Biochemical Space Language},
   url = {https://doi.org/10.1007/978-3-030-60327-4_20},
   year = {2020}
}

TY  - JOUR
ID  - 1687203
AU  - Troják, Matej - Šafránek, David - Mertová, Lukrécia - Brim, Luboš
PY  - 2020
TI  - eBCSgen: A Software Tool for Biochemical Space Language
PB  - Springer
CY  - Neuveden
SN  - 9783030603267
KW  - rule-based modelling
KW  - parameter synthesis
KW  - static analysis
KW  - Galaxy tool
UR  - https://doi.org/10.1007/978-3-030-60327-4_20
N2  - eBCSgen is a tool for development and analysis of models written in Biochemical Space Language (BCSL). BCSL is a rule-based language for biological systems designed to combine compact description with a specific level of abstraction which makes it accessible to users from life sciences. Currently, eBCSgen represents the only tool completely supporting BCSL. It has the form of a command line interface which is integrated into Galaxy – a web-based bioinformatics platform automating data-driven and model-based analysis pipelines
ER  -

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM. eBCSgen: A Software Tool for Biochemical Space Language. Online. In Abate A., Petrov T., Wolf V. \textit{18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2020}. LNBI 12314. Neuveden: Springer, 2020, s.~356-361. ISBN~978-3-030-60326-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-60327-4\_{}20.

Podrobný výpis o publikaci