In-Cell NMR Spectroscopy of Functional Riboswitch Aptamers in Eukaryotic Cells

BROFT, P., Šimon DŽATKO, Michaela KRAFČÍKOVÁ, A. WACKER, Robert HANSEL-HERTSCH, Volker DOTSCH, Lukáš TRANTÍREK a Harald SCHWALBE. In-Cell NMR Spectroscopy of Functional Riboswitch Aptamers in Eukaryotic Cells. Angewandte Chemie International Edition. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2021, roč. 60, č. 2, s. 865-872, 10 s. ISSN 1433-7851. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/anie.202007184.

Základní údaje

Originální název

In-Cell NMR Spectroscopy of Functional Riboswitch Aptamers in Eukaryotic Cells

Autoři

BROFT, P., Šimon DŽATKO (703 Slovensko, domácí), Michaela KRAFČÍKOVÁ (703 Slovensko, domácí), A. WACKER, Robert HANSEL-HERTSCH, Volker DOTSCH, Lukáš TRANTÍREK (203 Česká republika, garant, domácí) a Harald SCHWALBE

Vydání

Angewandte Chemie International Edition, Weinheim, Wiley-VCH Verlag, 2021, 1433-7851

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 16.823

Kód RIV

RIV/00216224:14740/21:00118818

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

http://dx.doi.org/10.1002/anie.202007184

UT WoS

000591274200001

Klíčová slova anglicky

aptamers; 2' -deoxyguanosine riboswitch; HeLa cells; RNA structures; structural biology

Štítky

CF CELLIM, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

We report here the in-cell NMR-spectroscopic observation of the binding of the cognate ligand 2 '-deoxyguanosine to the aptamer domain of the bacterial 2 '-deoxyguanosine-sensing riboswitch in eukaryotic cells, namely Xenopus laevis oocytes and in human HeLa cells. The riboswitch is sufficiently stable in both cell types to allow for detection of binding of the ligand to the riboswitch. Most importantly, we show that the binding mode established by in vitro characterization of this prokaryotic riboswitch is maintained in eukaryotic cellular environment. Our data also bring important methodological insights: Thus far, in-cell NMR studies on RNA in mammalian cells have been limited to investigations of short (<15 nt) RNA fragments that were extensively modified by protecting groups to limit their degradation in the intracellular space. Here, we show that the in-cell NMR setup can be adjusted for characterization of much larger (approximate to 70 nt) functional and chemically non-modified RNA.

---

Návaznosti

GX19-26041X, projekt VaV	Název: Strukturní biologie nové generace: Od izolovaných molekul k buňkám, od buněk ke tkáním. Investor: Grantová agentura ČR, STRUCTURAL BIOLOGY – NEXT GENERATION: from isolated molecules to cells, from cells to tissues.
LM2015043, projekt VaV	Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology
LM2015062, projekt VaV	Název: Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, National research infrastructure for biological and medical imaging
LM2015064, projekt VaV	Název: Český národní uzel Evropské infrastruktury pro translační medicínu (Akronym: EATRIS-ERIC-CZ) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Involvement of Czech Translational Medicine Infrastructure to the European Advanced Translational Research Infrastructure in Medicine
LQ1601, projekt VaV	Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020
871037, interní kód MU	Název: iNEXT-Discovery: Infrastructure for transnational access and discovery in integrated structural biology (Akronym: iNEXT- Discovery) Investor: Evropská unie, iNEXT-Discovery: Infrastructure for transnational access and discovery in integrated structural biology, RI Research Infrastructures (Excellent Science)