Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock

C 2021

Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock

HOZZOVÁ, Jana, Ondřej VÁVRA, David BEDNÁŘ a Jiří FILIPOVIČ

Základní údaje

Originální název

Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock

Autoři

HOZZOVÁ, Jana (703 Slovensko, domácí), Ondřej VÁVRA (203 Česká republika, domácí), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí) a Jiří FILIPOVIČ (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

New York, Protein-Ligand Interactions and Drug Design, od s. 105-124, 20 s. Methods in Molecular Biology, vol 2266, 2021

Nakladatel

Humana, New York, NY

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Kapitola resp. kapitoly v odborné knize

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14610/21:00118914

Organizační jednotka

Ústav výpočetní techniky

ISBN

978-1-0716-1208-8

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6

UT WoS

000683472300007

Klíčová slova anglicky

Tunnel analysis; Ligand transport; Molecular docking; Drug design; Enzyme engineering; Ligand screening

Štítky

rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 9. 9. 2021 15:31, Mgr. Marie Šípková, DiS.

Anotace

V originále

Interactions between enzymes and small molecules lie in the center of many fundamental biochemical processes. Their analysis using molecular dynamics simulations have high computational demands, geometric approaches fail to consider chemical forces, and molecular docking offers only static information. Recently, we proposed to combine molecular docking and geometric approaches in an application called CaverDock. CaverDock is discretizing enzyme tunnel into discs, iteratively docking with restraints into one disc after another and searching for a trajectory of the ligand passing through the tunnel. Here, we focus on the practical side of its usage describing the whole method: from getting the application, and processing the data through a workflow, to interpreting the results. Moreover, we shared the best practices, recommended how to solve the most common issues, and demonstrated its application on three use cases.

Návaznosti

GJ20-15915Y, projekt VaV

Název: Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech

Investor: Grantová agentura ČR, Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech

LM2015085, projekt VaV

Název: CERIT Scientific Cloud (Akronym: CERIT-SC)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CERIT Scientific Cloud

90042, velká výzkumná infrastruktura

Název: CESNET II

Citovat

HOZZOVÁ, Jana, Ondřej VÁVRA, David BEDNÁŘ a Jiří FILIPOVIČ. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock. In Flavio Ballante. Protein-Ligand Interactions and Drug Design. New York: Humana, New York, NY, 2021, s. 105-124. Methods in Molecular Biology, vol 2266. ISBN 978-1-0716-1208-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6.

@inbook{1757928,
   author = {Hozzová, Jana and Vávra, Ondřej and Bednář, David and Filipovič, Jiří},
   address = {New York},
   booktitle = {Protein-Ligand Interactions and Drug Design},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6},
   editor = {Flavio Ballante},
   keywords = {Tunnel analysis; Ligand transport; Molecular docking; Drug design; Enzyme engineering; Ligand screening},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {New York},
   isbn = {978-1-0716-1208-8},
   pages = {105-124},
   publisher = {Humana, New York, NY},
   title = {Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock},
   url = {https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6},
   year = {2021}
}

TY  - CHAP
ID  - 1757928
AU  - Hozzová, Jana - Vávra, Ondřej - Bednář, David - Filipovič, Jiří
PY  - 2021
TI  - Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock
VL  - Methods in Molecular Biology, vol 2266
PB  - Humana, New York, NY
CY  - New York
SN  - 9781071612088
KW  - Tunnel analysis
KW  - Ligand transport
KW  - Molecular docking
KW  - Drug design
KW  - Enzyme engineering
KW  - Ligand screening
UR  - https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6
N2  - Interactions between enzymes and small molecules lie in the center of many fundamental biochemical processes. Their analysis using molecular dynamics simulations have high computational demands, geometric approaches fail to consider chemical forces, and molecular docking offers only static information. Recently, we proposed to combine molecular docking and geometric approaches in an application called CaverDock. CaverDock is discretizing enzyme tunnel into discs, iteratively docking with restraints into one disc after another and searching for a trajectory of the ligand passing through the tunnel. Here, we focus on the practical side of its usage describing the whole method: from getting the application, and processing the data through a workflow, to interpreting the results. Moreover, we shared the best practices, recommended how to solve the most common issues, and demonstrated its application on three use cases.
ER  -

HOZZOVÁ, Jana, Ondřej VÁVRA, David BEDNÁŘ a Jiří FILIPOVIČ. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock. In Flavio Ballante. \textit{Protein-Ligand Interactions and Drug Design}. New York: Humana, New York, NY, 2021, s.~105-124. Methods in Molecular Biology, vol 2266. ISBN~978-1-0716-1208-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5\_{}6.

Podrobný výpis o publikaci