J 2021

WALTER: an easy way to online evaluate telomere lengths from terminal restriction fragment analysis

LYČKA, Martin, Vratislav PEŠKA, Martin DEMKO, Ioannis SPYROGLOU, Agata Magdalena KILAR et. al.

Základní údaje

Originální název

WALTER: an easy way to online evaluate telomere lengths from terminal restriction fragment analysis

Autoři

LYČKA, Martin (203 Česká republika, domácí), Vratislav PEŠKA (203 Česká republika), Martin DEMKO (703 Slovensko, domácí), Ioannis SPYROGLOU (300 Řecko, domácí), Agata Magdalena KILAR (616 Polsko, domácí), Jiří FAJKUS (203 Česká republika, domácí) a Miloslava FOJTOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

BMC Bioinformatics, London, BioMed Central, 2021, 1471-2105

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10609 Biochemical research methods

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 3.307

Kód RIV

RIV/00216224:14740/21:00119108

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

000634776700003

Klíčová slova anglicky

Telomere length; Terminal restriction fragments; Online toolset

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 31. 10. 2024 11:48, Ing. Marie Švancarová

Anotace

V originále

BackgroundTelomeres, nucleoprotein structures comprising short tandem repeats and delimiting the ends of linear eukaryotic chromosomes, play an important role in the maintenance of genome stability. Therefore, the determination of the length of telomeres is of high importance for many studies. Over the last years, new methods for the analysis of the length of telomeres have been developed, including those based on PCR or analysis of NGS data. Despite that, terminal restriction fragment (TRF) method remains the gold standard to this day. However, this method lacks universally accepted and precise tool capable to analyse and statistically evaluate TRF results.ResultsTo standardize the processing of TRF results, we have developed WALTER, an online toolset allowing rapid, reproducible, and user-friendly analysis including statistical evaluation of the data. Given its web-based nature, it provides an easily accessible way to analyse TRF data without any need to install additional software.ConclusionsWALTER represents a major upgrade from currently available tools for the image processing of TRF scans. This toolset enables a rapid, highly reproducible, and user-friendly evaluation of almost any TRF scan including in-house statistical evaluation of the data. WALTER platform together with user manual describing the evaluation of TRF scans in detail and presenting tips and troubleshooting, as well as test data to demo the software are available at https://www.ceitec.eu/chromatin-molecular-complexes-jiri-fajkus/rg51/tab?tabId=125#WALTER and the source code at https://github.com/mlyc93/WALTER.

Návaznosti

GA18-07027S, projekt VaV
Název: Zapojení telomerázy do buněčného interaktomu
Investor: Grantová agentura ČR, Zapojení telomerázy do buněčného interaktomu
GX20-01331X, projekt VaV
Název: Biogeneze a evoluce telomerázy u rostlin
Investor: Grantová agentura ČR, Biogenesis and evolution of telomerase in plants
90132, velká výzkumná infrastruktura
Název: NCMG II