2022
CoverView: clear atom-level visualization of electron density coverage of PDB structures to assist validation
CHARESHNEU, Aliaksei, David SEHNAL a Radka SVOBODOVÁZákladní údaje
Originální název
CoverView: clear atom-level visualization of electron density coverage of PDB structures to assist validation
Autoři
CHARESHNEU, Aliaksei (112 Bělorusko, garant, domácí), David SEHNAL (203 Česká republika, domácí) a Radka SVOBODOVÁ (203 Česká republika, domácí)
Vydání
2022
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Software
Obor
10608 Biochemistry and molecular biology
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Kód RIV
RIV/00216224:14740/22:00124983
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
Klíčová slova anglicky
proteins; visualization; electron density; coverage; PDB;
Technické parametry
webová aplikace
Štítky
Změněno: 20. 3. 2023 12:15, Ing. Daniela Tršová, Ph.D.
Anotace
V originále
A prototype of a web server allowing the users to clearly visualize the electron density coverage of a protein structure at the level of atoms. Consists of a sortable table with relevant information (title, assembly weight, total atoms, fraction of atoms covered, resolution high, R factor, R free) on a set of selected structures linked to pre-created Mol* sessions, where each structure is colored according to the electron density coverage of atoms (green – covered, red – not covered). The implementation is based on a Python library called gemmi.
Návaznosti
| LM2018131, projekt VaV |
|